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[波函数分析求助] 审稿意见求助RDG 和AIM共同判断NH…C=N为氢键

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发表于 2019-10-14 11:57:15 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师好,有一个审稿意见需要向各位老师求助,谢谢大家
文章背景:采用wb97xd/def2svp优化复合物,Multiwfn研究了RDG 和AIM,NH…C部分键临界点数据如下:ρ(r) 0.0248/a.u,∇2ρ(r)0.0548 /a.u,H(r) -0.0006/a.u.

共同分析出 NH…C为 氢键(色氨酸的氨基和席夫碱的C原子),但审稿人因为C不是常规氢键受体,提出质疑。搜索文献时实验中也很少存在这类氢键。所以在此请教各位老师是不是我分析有误,图中标注蓝色区域是否属于氢键,如果是,具体属于哪类氢键,谢谢。
“the authors discuss a NH…C hydrogen bond (amine group of tryptophane and C atom of salphen). They need to comment since of course C is not a conventional hydrogen bond acceptor? Is it a hydrogen bond?”
氢键.jpg

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发表于 2019-10-14 17:00:01 | 显示全部楼层
NH...pi的可能性更大一些,仔细看一下结构。

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公社社长

发表于 2019-10-14 19:19:00 | 显示全部楼层
我看不见你的具体结构不好说清楚
如果C作为氢键受体,那只能是pi氢键,这么说的时候必须这个碳上有丰富的pi电子才行
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 楼主| 发表于 2019-10-14 20:33:12 | 显示全部楼层
本帖最后由 小木可依 于 2019-10-17 11:30 编辑

谢谢老师的回复,这是我的具体RDG图
l2-try-AIMRDG-ps.jpg

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 楼主| 发表于 2019-10-14 20:33:44 | 显示全部楼层
图忘记压缩,对不起

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 楼主| 发表于 2019-10-14 20:46:32 | 显示全部楼层
yjmaxpayne 发表于 2019-10-14 17:00
NH...pi的可能性更大一些,仔细看一下结构。

谢谢老师回复,我研究体系是席夫碱salphen和色氨酸的相互作用
SALPHEN色氨酸.jpg

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发表于 2019-10-14 21:51:10 | 显示全部楼层
本帖最后由 朙天儿 于 2019-10-14 21:54 编辑

楼主复合物计算图 与l6#gv图明显不一样(已排除其它部分),l6#图是对的。
计算图的salphen部分,从这个角度看,亚水杨基与N相连的两个对称C分别少一个H。这样的话,色氨酸上的氨基氢就来找这个C了。而事实上更应该考察与此C相连的环与色氨酸-NH2相互作用。。自然应该是pi氢键。

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 楼主| 发表于 2019-10-15 09:32:49 | 显示全部楼层
朙天儿 发表于 2019-10-14 21:51
楼主复合物计算图 与l6#gv图明显不一样(已排除其它部分),l6#图是对的。
计算图的salphen部分,从这个角 ...

谢谢您的回复,RDG图是我的失误上传了亚水杨基与N相连的两个对称C分别少一个H,正常的是没有少-H。所以说是蓝色位置的氢键属于NH-π

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发表于 2019-10-15 10:45:02 | 显示全部楼层
小木可依 发表于 2019-10-14 20:46
谢谢老师回复,我研究体系是席夫碱salphen和色氨酸的相互作用

判断为NH...Pi没问题。

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发表于 2019-10-15 11:55:46 | 显示全部楼层
小木可依 发表于 2019-10-15 09:32
谢谢您的回复,RDG图是我的失误上传了亚水杨基与N相连的两个对称C分别少一个H,正常的是没有少-H。所以说 ...

即便是正常的图,蓝色位置考察的原子位置也不对。上面的N-N相连也不合理,还是因为H的关系。结构整体还是好好检查一下。

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 楼主| 发表于 2019-10-15 11:59:33 | 显示全部楼层
yjmaxpayne 发表于 2019-10-15 10:45
判断为NH...Pi没问题。

非常感谢您

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 楼主| 发表于 2019-10-15 12:01:20 | 显示全部楼层
朙天儿 发表于 2019-10-15 11:55
即便是正常的图,蓝色位置考察的原子位置也不对。上面的N-N相连也不合理,还是因为H的关系。结构整体还是 ...

上面N-N为N=N双键,我会再仔细检查不犯这种的错误,谢谢您的建议

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发表于 2020-2-12 15:26:53 | 显示全部楼层
小木可依 发表于 2019-10-15 12:01
上面N-N为N=N双键,我会再仔细检查不犯这种的错误,谢谢您的建议

您好,这篇paper后来接受发表了么,有没有DOI号,想拜读下
上海交通大学计算化学与分子生物信息实验室
Shanghai JiaoTong University
Computational Chemistry and Molecular Bioinformatics Laboratory

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 楼主| 发表于 2020-2-16 18:35:57 | 显示全部楼层
lijiayisjtu 发表于 2020-2-12 15:26
您好,这篇paper后来接受发表了么,有没有DOI号,想拜读下

正在审稿,还没DOI
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