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[GROMACS] 求助:segmentation fault (core dumped)

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在运行NPT平衡的时候,出现:segmentation fault (core dumped),如图,求解答解决方法。

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发表于 Post on 2019-10-15 17:08:04 | 只看该作者 Only view this author
不要用那么老的版本



北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-30 19:06:18 | 只看该作者 Only view this author
首先谢谢老师。我将Gromacs升到2019.3,然后确实解决了崩溃的问题,但现在又出现一个问题:就是NPT时候,压力异常,如图所示 ,后来又尝试对压力耦合方法进行更改,但感觉还是不太正常 ,求解答。

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发表于 Post on 2019-10-31 06:29:29 | 只看该作者 Only view this author
呆宝可乐 发表于 2019-10-30 19:06
首先谢谢老师。我将Gromacs升到2019.3,然后确实解决了崩溃的问题,但现在又出现一个问题:就是NPT时候,压 ...

第一个图肯定不正常。第二个图没什么问题(前提是你的ref_p就是设的170 bar左右)
如果能确认是2019.3的毛病,可以尝试2018.8
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发表于 Post on 2022-11-1 22:21:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-15 17:08
不要用那么老的版本

您好,老师,请教您一个问题。如果分子模型的密度特别低,经过能量最小化和弛豫之后,分子间相靠近,导致盒子里有很多空隙。在MD并行计算的过程中我常会遇到Segmentation fault这种问题,不过我换成单核串行计算的时候就不会有这种问题,对于这种情况是为什么呢,有没有什么解决方法?谢谢。

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发表于 Post on 2022-11-2 08:30:12 | 只看该作者 Only view this author
xiaoj 发表于 2022-11-1 22:21
您好,老师,请教您一个问题。如果分子模型的密度特别低,经过能量最小化和弛豫之后,分子间相靠近,导致 ...

你这是两个明显不同的问题

有空隙就做NPT动力学消掉

Segmentation fault问题看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
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