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[CASTEP/MS] 关于linux系统MS的请教

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发表于 2015-7-24 20:07:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 panger 于 2015-7-24 21:43 编辑

linux系统中MS任务如果不是通过windows客户端提交的任务,而是直接在linux系统中提交的任务。例如castep,dmol等模块,在Linux系统计算结束以后缺少.xsd文件,不能在windows下可视化,这个问题该怎么解决呢?有经验的同行帮帮忙,谢谢。

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发表于 2015-7-24 23:23:47 | 显示全部楼层
在win端的计算选项卡中save files之后把产生的文件夹拷贝到服务器,然后执行.../MS/etc/DMol3(或CASTEP)/bin/RunDMol3.sh(或RunCASTEP.sh),之后把文件传回win端。这个win端可以是其他电脑,也可以是linux上安装的虚拟机,原则上在虚拟机配置MS后应该也能够调用host。
近期忙。

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 楼主| 发表于 2015-7-25 00:12:53 | 显示全部楼层
卡开发发 发表于 2015-7-24 23:23
在win端的计算选项卡中save files之后把产生的文件夹拷贝到服务器,然后执行.../MS/etc/DMol3(或CASTEP)/ ...

谢谢,我想知道如何将linux系统中的结果可视化,在哪里能刷新一下,还是怎么样操作一下。

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发表于 2015-7-25 00:33:40 | 显示全部楼层
panger 发表于 2015-7-25 00:12
谢谢,我想知道如何将linux系统中的结果可视化,在哪里能刷新一下,还是怎么样操作一下。

你把服务器的结果拷贝回来后放到对应的project下面,然后在CASTEP或DMol3的Analysis下面有个Structure,之后update一下,能量、力、位移的曲线有个Energy Evolution的选项。

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 楼主| 发表于 2015-7-27 00:14:45 来自手机 | 显示全部楼层
谢谢,是不是这种形式提交任务,各种性质都要分别计算,多次提交任务?

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发表于 2015-7-27 13:46:15 | 显示全部楼层
panger 发表于 2015-7-27 00:14
谢谢,是不是这种形式提交任务,各种性质都要分别计算,多次提交任务?

不必,性质可以提前勾选,这样的话会在input文件中包含于“# Calculated properties”,这样该性质就会被计算,如计算DOS和BandStr的时候在properties会出现关键词,额外还会产生DOS或BandStr的input文件,里面是描述DOS或能带的k点以及空带数目等。

但有些性质计算过程可能容易出错一般建议分开算,比如Freq计算采用有限差分的方法,个别原子被移动某个距离后产生的结构SCF可能会比较难收敛。如果分开计算这些性质,也不妨采用续算的方法,当然体系不太大的情况多做一次SCF也无妨。

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发表于 2018-7-9 10:45:32 | 显示全部楼层
卡开发发 发表于 2015-7-24 23:23
在win端的计算选项卡中save files之后把产生的文件夹拷贝到服务器,然后执行.../MS/etc/DMol3(或CASTEP)/ ...

卡开发发老师,这里请教您一个问题:我用PBS提交DMol3时,出现了这样的错误,请问是哪里的问题?烦劳您解答一下!
输出的错误文件见附件所示

UBC.o54224

186 Bytes, 下载次数: 1

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发表于 2018-7-11 10:02:33 | 显示全部楼层
本帖最后由 flwboka 于 2018-7-11 11:31 编辑

如果是使用dmol做结构优化计算的话,优化的最新结构保存在.car文件中,优化的每一步轨迹保存在.arc文件中。不管计算是否完成,都可以吧这两个文件下载下来,直接拖到ms中可视化查看的
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