径向分布函数求配位数的问题求助

naoki · 发表于 Post on 2019-10-24 14:59:45

我想向大家请教一下，VMD给出的径向分布函数是radial pair distribution function，就是两种选定原子之间距离的分布函数g(r)，所以中心原子（A）和参照原子（B）先后顺序不影响结果，那么对g(r)积分后求出的配位数是A周围B的数量还是B周围A的数量呢，或者说，这种g(r)积分的意义是什么呢？假如我想分别求A对B和B对A的配位数，应该如何计算呢，谢谢大家！

naoki · 发表于 Post on 2019-10-24 15:53:19

额。。我发现在A和B在Selection选框互换位置之后rdf不变，Int(g(r))值会变，也就是说A在Selection1，B在Selection2时积分求出的时A周围B的配位数，AB互换位置就是B周围A的配位数吗。。

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-10-24 16:19:14

没用过VMD求，但gromacs里有参考组和计算组可供选择

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-26 04:02:14

从计算公式上理解

naoki · 发表于 Post on 2019-10-30 09:27:57

sobereva 发表于 2019-10-26 04:02
从计算公式上理解

谢谢Sob老师的解答~

星空DMU · 发表于 Post on 2020-1-7 17:32:30

naoki 发表于 2019-10-30 09:27
谢谢Sob老师的解答~

请问算出RDF曲线，怎么算配位数。

naoki · 发表于 Post on 2020-1-7 18:40:29

星空DMU 发表于 2020-1-7 17:32
请问算出RDF曲线，怎么算配位数。

vmd算rdf的时候可以选择int 就是求积分 rdf第一个峰谷作垂线与积分曲线交点的y坐标值即为第一层配位数这个你可以从rdf的定义和公式理解一下

星空DMU · 发表于 Post on 2020-1-7 19:49:01

naoki 发表于 2020-1-7 18:40
vmd算rdf的时候可以选择int 就是求积分 rdf第一个峰谷作垂线与积分曲线交点的y坐标值即为第一层配位数这 ...

谢谢，另，我想研究A分子上的O原子和水分子中的H原子之间的RDf，请问VMD选择语句该怎么写？A为水溶性高分子聚合物。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-7 19:53:36

星空DMU 发表于 2020-1-7 19:49
谢谢，另，我想研究A分子上的O原子和水分子中的H原子之间的RDf，请问VMD选择语句该怎么写？A为水溶性高分 ...

name O and resname A
name H and water
其中name、resname根据实际来写

naoki · 发表于 Post on 2020-1-7 20:27:39

星空DMU 发表于 2020-1-7 19:49
谢谢，另，我想研究A分子上的O原子和水分子中的H原子之间的RDf，请问VMD选择语句该怎么写？A为水溶性高分 ...

Sob老师说的对
还有就是一般水中H的name为HW1和HW2 O为OW

星空DMU · 发表于 Post on 2020-1-7 21:16:08

naoki 发表于 2020-1-7 20:27
Sob老师说的对
还有就是一般水中H的name为HW1和HW2 O为OW

谢谢

星空DMU · 发表于 Post on 2020-1-7 21:16:21

sobereva 发表于 2020-1-7 19:53
name O and resname A
name H and water
其中name、resname根据实际来写

谢谢sob老师

李朋 · 发表于 Post on 2020-12-26 09:57:31

sobereva 发表于 2019-10-26 04:02
从计算公式上理解

请问老师，VMD分析RDF时，勾选Int g(r)，给出来的积分曲线，是已经乘以平均数密度了吗？即，给出的积分曲线，直接就是公式等号右边的值？谢谢~

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-12-26 21:56:53

李朋发表于 2020-12-26 09:57
请问老师，VMD分析RDF时，勾选Int g(r)，给出来的积分曲线，是已经乘以平均数密度了吗？即，给出的积分曲 ...

VMD的积分值就是卢老师ppt里那个公式的结果

961106 · 发表于 Post on 2022-6-7 11:30:24

sobereva 发表于 2019-10-26 04:02
从计算公式上理解

请问老师插件里的Histogram parameters里的定义是什么意思？谢谢老师

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