绘制分子表面静电势极值图，怎样删除不需要的静电势极大值点和极小值点？

zmj110

Sob 老师， 您好！
最近我在使用您的软件分析静电势的极大值点和极小值点，可是得到的结果都是正值，我应该怎样理解？我想删除一些多余的点，极小值的部分：我应该删除数值较大的数据吗？极大值的部分：我应该删除数值较小的数据吗？我粘贴这部分数据在下面，您能帮我解答吗？非常感谢！

Number of surface minima:    30
   #       a.u.         eV      kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
     1 40.84124875 1111.34689525628.292004      -8.351277  -1.983340   3.103135
     2 47.51195125 1292.86594129814.224528      -7.810177  -1.703046  -1.135593
     3 36.23561096  986.02111722738.208231      -7.625813  -8.035533   1.015014
     4 41.35585582 1125.35006525951.213087      -7.204938   1.102570  -5.056491
     5 45.06328587 1226.23436728277.662519      -6.959425  -5.238387  -1.487000
     6 38.99095391 1060.99781224467.213488      -6.454367   0.047657   6.340088
     7 54.33141741 1478.43305234093.507739      -4.936458   3.261954  -2.111687
*    8 33.69352100  916.84733221143.021364      -4.626665 -10.882002   1.926764
     9 42.70147423 1161.96620426795.602095      -4.198114   3.338511   5.774309
    10 50.64184173 1378.03459231778.262107      -3.808481   4.850139   1.857795
    11 51.14456065 1391.71426932093.723254      -2.777790  -4.341493   3.734406
    12 47.64741343 1296.55205429899.228401      -1.512513   7.168112   0.499002
    13 42.08780579 1145.26743726410.519011      -1.016560   7.195345  -4.038930
    14 36.47716687  992.59418822889.786984      -0.620559 -10.829862   0.486704
    15 47.12150203 1282.24127729569.213740      -0.501123   1.544285   6.357305
    16 53.42710879 1453.82556333526.045038      -0.064327   0.190143  -6.223377
    17 39.31059823 1069.69577624667.793497       0.676680   8.354642   3.767223
    18 42.11326272 1145.96015526426.493487       0.698209  -6.845336  -5.610167
    19 44.62696016 1214.36134128003.863770       1.099154  -5.249383   4.991377
    20 45.27970059 1232.12331128413.464916       1.218703  -8.232101  -1.933664
    21 41.19419660 1120.95109425849.770310       2.244511   4.246532   6.633424
    22 42.04399128 1144.07518326383.024966       2.521617  -1.971582   6.917026
    23 50.02527090 1361.25684631391.357740       2.676099  -6.055214   0.868756
    24 53.30289989 1450.44566733448.102711       4.384958  -3.520829  -2.291507
    25 35.80451186  974.29031422467.689234       4.725711   7.764645   4.772301
    26 44.24899867 1204.07648627766.689157       5.329296   0.559373   4.973965
    27 52.74559029 1435.28050133098.385360       5.906472   1.242344   0.793584
    28 42.30776369 1151.25279526548.544792       6.596977   4.767197  -1.788738
    29 41.78206749 1136.94787426218.665168       7.032238  -0.618665  -3.858117
    30 36.77554794 1000.71354923077.024088       7.634002   5.910341   2.124231

Number of surface maxima:    18
   #       a.u.         eV      kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
     1 54.46419643 1482.04615234176.827899      -5.370925   2.657399  -2.292048
     2 58.41224703 1589.47807236654.269132      -3.492176   4.044765  -0.851416
     3 61.91188122 1684.70796238850.324585      -2.993990  -1.288757   3.155000
*    4 72.42894453 1970.89180845449.886980      -2.941611  -2.283974  -0.851416
     5 62.55826245 1702.29688939255.935267      -2.721126   2.273222  -3.694748
     6 64.00185463 1741.57903040161.803799      -2.038214  -2.334951  -4.240627
     7 63.13531434 1717.99927039618.041102      -0.876402  -2.092490   3.291787
     8 64.97736646 1768.12405740773.947225      -0.368829   3.661743   1.860048
     9 58.02547472 1578.95346336411.565643      -0.230053  -5.935974   0.885962
    10 62.57500524 1702.75248439266.441539       1.497072   2.283853  -4.029593
    11 53.98938138 1469.12577833878.876709       1.463971   5.933683  -2.174359
    12 53.13730930 1445.93971733344.192959       1.898811   0.834307   5.261133
    13 63.84127127 1737.20933540061.036133       2.277057  -2.019451  -3.688852
    14 57.44170318 1563.06823136045.243165       2.830287  -4.611524  -1.496985
    15 59.16830309 1610.05140437128.701873       4.134730   2.542589   1.928188
    16 55.41175835 1507.83062434771.432484       5.119567  -2.092490   0.440180
    17 54.09585313 1472.02302133945.688797       5.475911  -0.222367   1.675198
    18 54.80935209 1491.43831634393.416531       5.676160   1.073617  -0.877668

sobereva

阳离子体系通常表面静电势都为正，显然极值点也都为正。没有手动删除的必要

naoki

Sob老师文章里的话：“先激活VMD的OpenGL图形窗口，点击键盘上的0进入VMD的查询模式，然后点击一个表面极值点对应的圆球（必须点正中心。如果目前同时显示了表面顶点则先关闭显示表面顶点免得妨碍选取），文本窗口里如果提示比如index 1”。然后你通过VMD选择需要显示的极值点就好了。

zmj110

naoki 发表于 2019-10-25 14:41
Sob老师文章里的话：“先激活VMD的OpenGL图形窗口，点击键盘上的0进入VMD的查询模式，然后点击一个表面极值 ...

谢谢！

zmj110

sobereva 发表于 2019-10-25 00:04
阳离子体系通常表面静电势都为正，显然极值点也都为正。没有手动删除的必要

谢谢！ Sob老师！