gaussian优化团簇无法识别Ih点群

一只小白 · 发表于 Post on 2019-10-25 00:17:40

各位老师好，我最近在使用g16优化正二十面体V13团簇时，发现其识别不出Ih点群。尝试用gaussview调整为Ih点群，采用内坐标z-matrics以及symm=veryloose等方法之后仍旧没有解决问题。

snljty · 发表于 Post on 2019-10-25 08:58:14

本帖最后由 snljty 于 2019-10-25 08:59 编辑

不知道是优化第一步之前就没识别出来，还是优化过程中对称性消失或降低？
Gaussian对Ih点群好像优化过程中就是很难维持住对称性，除了symm=loose之外，如果用dft方法，积分格点精度不够可能造成轻微的体系旋转后改变(虽然精度基本不影响结果分析)，导致优化走一步后点群就掉下了了，经常掉成D5d甚至Cs点群...虽然IOp手册有写IOp(2/16)=2表示当体系对称性改变时，继续使用旧对称性，但是亲测对Ih点群和很多别的情况并没什么用...而且即使用很高的积分格点精度也经常维持不住Ih对称性，徒增了大量计算量却对结果改进没什么明显好处。
如果是DFT方法又没找到别的办法，对称性还掉到Cs了，那可以考虑用ORCA吧，Cs对称性加速有限，Orca虽然没有对称性加速，密度拟合的加速足以弥补这一点了

一只小白 · 发表于 Post on 2019-10-25 09:08:36

snljty 发表于 2019-10-25 08:58
不知道是优化第一步之前就没识别出来，还是优化过程中对称性消失或降低？
Gaussian对Ih点群好像优化过程中 ...

我用的DFT计算，然后是在优化开始第一步前的点群判断就没有识别出来。之前投入C2h点群优化结果发现结构更偏向C2h,各个键长差距有点大，然后还有两个一百左右的虚频消不掉，所以我想试一下是不是我初始结构点群有问题。

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-25 14:08:16

如果用了弥散函数，去掉
如果用的是DFT，尝试增加积分格点精度

就算没判断出来，只要优化完了放到gview里用loose收敛限能判断出Ih，并且没有虚频，仍然可以认为就是Ih。如果对称性下降的很显著且之后没有虚频，那在当前级别下本身就不是Ih。

一只小白 · 发表于 Post on 2019-10-27 16:51:33

sobereva 发表于 2019-10-25 14:08
如果用了弥散函数，去掉
如果用的是DFT，尝试增加积分格点精度

嗯嗯，谢谢sobereva老师！

beefly · 发表于 Post on 2019-10-27 18:00:10

gaussview在处理Ih对称性的时候有点问题，按照Ih重新对称化后的坐标其实并不严格满足Ih对称性，导致Gaussian识别不出来。可以在gaussview对称化以后，把一些相差小于0.0001埃的坐标手工改用同一个值代替，Gaussian或许就能认出来了。或者用z矩阵坐标

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-28 01:31:44

假设6L提及的问题对当前存在的话，可以尝试用SYVA程序做对称化
Computer Physics Communications 215 (2017) 156–164

一只小白 · 发表于 Post on 2019-10-29 07:08:31

sobereva 发表于 2019-10-28 01:31
假设6L提及的问题对当前存在的话，可以尝试用SYVA程序做对称化
Computer Physics Communications 215 (201 ...

sobereva老师，我最开始是用BP86优化体系，然后尝试了您之前文章里很多办法消除虚频，最后用calcall消掉虚频，但是整个结构完全改变了。之后我用M06-L加上D3校正优化得到了没有虚频的结果，这个能说明m06-l更适合当前体系吗，还是我需要再尝试其他泛函来做优化。

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-29 07:40:40

一只小白发表于 2019-10-29 07:08
sobereva老师，我最开始是用BP86优化体系，然后尝试了您之前文章里很多办法消除虚频，最后用calcall消掉 ...

如果你没有实验证据说明某个结构是真实的，并不能下结论说M06-L-D3就比BP86更正确
也应当用其它的诸如PBE、TPSSh、SCAN之类试试

如果能算得动双杂化，以双杂化为参考

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[Gaussian/gview] gaussian优化团簇无法识别Ih点群

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