求助gromacs导出轨迹文件中某一帧的轨迹

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-10-26 10:10:07

请问各位老师，假如我想用trjconv命令截取某一帧的轨迹，然后再转换成gro文件，假如求10ns模拟轨迹的倒数第二帧的轨迹，积分步长0.001,有如下几个问题：(1)命令是否正确
gmx trjconv -f ***.xtc -s ***.tpr -b 999 -e 999 -o ***.xtc 然后再转换格式。
（2）如果上面正确，那请问积分步长换成0.002时，这个时间的截取该怎么选择呢？

（3）再降温过程中（annealing），步长的选择对最后模拟平均体积有影响吗？或者说我只求平均体积不分析其他不同步长它的数据是否还准确？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-27 00:57:27

-b -e时间单位是ps，显然你设的不对。另外，直接指定时间专门有个-dump选项，没必要用-b和-e
可以用VMD载入轨迹，直接选择保存倒数第二帧即可

平均体积我不知道指的是什么。如果体现在盒子尺寸上，步长只要是合理范围，控压对应的平均盒子尺寸也不会有什么差异

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-10-28 08:02:10

非常感谢老师！！

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-10-29 21:48:07

sobereva 发表于 2019-10-27 00:57
-b -e时间单位是ps，显然你设的不对。另外，直接指定时间专门有个-dump选项，没必要用-b和-e
可以用VMD载 ...

老师，通过VMD我可以得到体系的某一帧的想要的体积结构，假如我想再这一帧续跑200ns的NVT，我想续跑这一帧的速度应该如何得到呢？或者说，我可以重新赋值速度，让体系从0K慢慢到指定温度，再0K时产生速度，分析后50ns。这样做的结果和直接续跑的结果是一样的对吗？反正都平衡了很久。后面对于前面速度怎么变化没什么关系了？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-30 05:16:40

少年爱吃地三鲜发表于 2019-10-29 21:48
老师，通过VMD我可以得到体系的某一帧的想要的体积结构，假如我想再这一帧续跑200ns的NVT，我想续跑这一 ...

你的trr文件里存了速度信息（nstvout），则提出的这一帧才也可能有速度信息
重新做升温显然不合适，破坏运动的连续性

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-10-30 08:12:59

sobereva 发表于 2019-10-30 05:16
你的trr文件里存了速度信息（nstvout），则提出的这一帧才也可能有速度信息
重新做升温显然不合适，破坏 ...

谢谢老师！我试试

LuckyLynn · 发表于 Post on 2020-7-9 08:46:51

sobereva 发表于 2019-10-30 05:16
你的trr文件里存了速度信息（nstvout），则提出的这一帧才也可能有速度信息
重新做升温显然不合适，破坏 ...

请问老师，用上面这个命令可以提取某一时间段内的轨迹吗？我想从跑了1ns的轨迹文件中提取0.5ns 内的轨迹文件。如果这个命令可以用的话，时间该怎么截取？如果不可以的话，我该用什么命令呢？

LuckyLynn · 发表于 Post on 2020-7-9 09:05:50

LuckyLynn 发表于 2020-7-9 08:46
请问老师，用上面这个命令可以提取某一时间段内的轨迹吗？我想从跑了1ns的轨迹文件中提取0.5ns 内的轨迹 ...

老师，我知道该怎么提取了。

duomi · 发表于 Post on 2022-12-3 16:17:06

LuckyLynn 发表于 2020-7-9 09:05
老师，我知道该怎么提取了。

请问咋提取的呀

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[GROMACS] 求助gromacs导出轨迹文件中某一帧的轨迹

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