求助GROMACS中系统没有残基信息是否能够通过修改扩充？

gsbear · 发表于 Post on 2019-10-29 22:34:14

本帖最后由 gsbear 于 2019-10-31 12:15 编辑

请教各位高手，在用GROMACS做纤维素模拟，对应的PDB文件中的葡萄糖残基在GROMACS系统中没有支持，pdb2gmx程序过不去，看了一下gromacs目录下/share/gromacs/top/residuetypes.dat文件，里面只有Protein、DNA、RNA、water、Ion五类残基。
1、也就是说GROMACS系统默认只支持这五类残基的模拟吗？
2、是否可以通过扩展gromacs目录下/share/gromacs/top/residuetypes.dat文件支持其他类型的残基呢？
3、如果可以扩展应该怎么做呢？有文献或手册说明吗？
4、如果不能扩展GROMACS的系统残基信息，应该如何生成相应的top结构文件呢？是用第三方程序吗？
5、Glycam库能够生成的糖类结构好像只能在AMBER里边用，在GROMACS中好像用不了，是这样吗？

以上问题如能解答一二，望不吝赐教（能全部解答那就太好了），在此拜谢！

puzhongji · 发表于 Post on 2019-10-29 22:56:36

可扩展。
amber生成top转为gmx top。https://github.com/ParmEd/ParmEd

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-30 05:09:07

自己往rtp文件里补充相应的残基定义即可

GROMOS力场专门有用来模拟糖的变体，参考
56A_CARBO：JCC, 32, 998 (2011)、JCC, 37, 354 (2016)。作者还直接给了相应的gmx的力场包
53A6_GLYC：JCTC, 8, 4681 (2012)

gsbear · 发表于 Post on 2019-10-30 11:11:33

puzhongji 发表于 2019-10-29 22:56
可扩展。
amber生成top转为gmx top。https://github.com/ParmEd/ParmEd

好的，谢谢，我找ParmEd来试试

gsbear · 发表于 Post on 2019-10-30 11:15:43

sobereva 发表于 2019-10-30 05:09
自己往rtp文件里补充相应的残基定义即可

GROMOS力场专门有用来模拟糖的变体，参考

两篇文章我都看过，也是下载的
56A_CARBO：JCC, 32, 998 (2011)、JCC, 37, 354 (2016)
发布的立场文件来做的，只是pdb2gmx的时候提示找不到残基定义，查了系统文件里面只有核苷酸、氨基酸、水和离子，不知道怎么样自己定义残基，所以上来请教老师。我再详细看看GMX的手册里有没有详细说明吧。谢谢。

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-10-30 14:05:03

残基就是重复单元，gmx自带的残基有限，你想要什么样的体系就在rtp里自己填进去，每个粒子的原子类型一一对应，键连关系写清楚，才能使用pdb2gmx生成，你也可以直接用http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html生成拓扑。检查检查也行，不必非得用pdb2gmx程序

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-31 06:17:40

gsbear 发表于 2019-10-30 11:15
两篇文章我都看过，也是下载的
56A_CARBO：JCC, 32, 998 (2011)、JCC, 37, 354 (2016)
发布的立场文件 ...

56A_CARBO作者给了现成的56a_CARBO4GROMACS.rar包，里面的rtp已经包含了糖的单元

gsbear · 发表于 Post on 2019-10-31 11:40:32

少年爱吃地三鲜发表于 2019-10-30 14:05
残基就是重复单元，gmx自带的残基有限，你想要什么样的体系就在rtp里自己填进去，每个粒子的原子类型一一 ...

多谢指教！

gsbear · 发表于 Post on 2019-10-31 11:45:19

sobereva 发表于 2019-10-31 06:17
56A_CARBO作者给了现成的56a_CARBO4GROMACS.rar包，里面的rtp已经包含了糖的单元

多谢社长，之前是我没细心看，打开aminoacids.rtp只是简单的找了下GLU的关键字，看了下结构是谷氨酸就以为都是氨基酸的定义，没详细看，今天看了回复，再打开文件仔细看才发现葡萄糖残基是GLC。谢谢啦

tjuptz · 发表于 Post on 2021-2-5 22:51:37

本帖最后由 tjuptz 于 2021-2-8 21:18 编辑

http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields 可以下载到
56a_CARBO4GROMACS.rar
The GROMOS 56a_Carbo [J Comput Chem. 2011; 32 (6): 998-1032] force field in GROMACS format. The files correspond to four types of building blocks based on the beta-D-glucose molecule.
GROMOS_56a6_CARBO_R.zip
GROMOS 56A6_CARBO_R force field for carbohydrates [Plazinski et al. J. Comp. Chem. 2016, DOI: 10.1002/jcc.24229]. The zip file contains GROMACS .rtp entries and python script allowing to construct the topology for arbitrary linear glucose chains (any linkage/anomery). Sample topologies are included as well.
注：后者版本更新

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