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[Amber] 氯原子在pdb文件中识别成碳原子

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发表于 2019-11-4 22:48:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
通过antechamber生成的PDB文件里氯原子一行如下:
ATOM     30  CL1 CPC     1      -6.781   0.086   0.404 -0.063612

用Mercury打开则直接识别成了C
请问该如何解决?

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发表于 2019-11-5 06:11:36 | 显示全部楼层
CL改成Cl试试?

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 楼主| 发表于 2019-11-5 09:15:26 | 显示全部楼层

之前就是Cl,我改成CL也没啥用。

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发表于 2019-11-7 08:43:53 | 显示全部楼层
只要模拟过程中能正确识别就行,显示的问题换其他可视化软件试试?

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 楼主| 发表于 2019-11-7 09:19:26 | 显示全部楼层
agent99 发表于 2019-11-7 08:43
只要模拟过程中能正确识别就行,显示的问题换其他可视化软件试试?

VMD也直接给识别成碳咯。。不知道什么情况。。

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发表于 2019-11-8 17:12:10 | 显示全部楼层
pdb最后有一位是元素符号的,你把那一位填上……

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