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[GROMACS] gmx cluster命令使用请教

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发表于 2019-11-5 10:12:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师,使用gromacs模拟药物分子的自组装,比如水盒子中的20个分子最终团聚成为一个整体的大分子,打算使用gmx cluster -f run.xtc-s run.tpr -n index 命令输出团簇数随时间变化的函数、团簇的大小等参数。但是用这个命令得到的结果非常不准确,(比如团簇数实际是变少的,但是分析结果显示是增多的。)gmx clustsize也有同样的问题。
想请教一下分析团簇的命令应该如何使用呢?感谢。

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发表于 2019-11-5 19:16:06 | 显示全部楼层
cluster是归簇用的,根本不能用于当前目的,你看看比如leach的分子模拟书了解一下归簇算法就知道什么场合才适合使用
clustsize才是用来统计簇的尺寸和数目的
第12届北京科音初级量子化学培训班将于六月举办!是零基础和初学者速成量子化学计算的非常难得和宝贵的机会,欢迎参加!详情和报名方式见http://www.keinsci.com/workshop/12KEQC
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 楼主| 发表于 2019-11-12 18:51:58 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-11-5 19:16
cluster是归簇用的,根本不能用于当前目的,你看看比如leach的分子模拟书了解一下归簇算法就知道什么场合才 ...

好的,谢谢老师,可是为什么我用cluster得到的xvg文件中,团簇个数全部是1呢?

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发表于 2019-11-13 22:08:29 | 显示全部楼层
daydayup 发表于 2019-11-12 18:51
好的,谢谢老师,可是为什么我用cluster得到的xvg文件中,团簇个数全部是1呢?

8成是cutoff设的不合理
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 楼主| 发表于 2019-11-14 16:32:11 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-11-13 22:08
8成是cutoff设的不合理

好的,谢谢老师

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发表于 2019-12-23 10:40:36 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-11-5 19:16
cluster是归簇用的,根本不能用于当前目的,你看看比如leach的分子模拟书了解一下归簇算法就知道什么场合才 ...

请问老师,我想算这个体系中团簇的大小,该选哪个组呢,是group 0 吗?
Select group for least squares fit and RMSD calculation:
Group     0 (         System) has 25080 elements
Group     1 (          Other) has 25010 elements
Group     2 (             C2) has   190 elements
Group     3 (           Tf2N) has   150 elements
Group     4 (            C12) has  1470 elements
Group     5 (             Cl) has    70 elements
Group     6 (             EO) has 17400 elements
Group     7 (            no3) has  5800 elements
Group     8 (            Ion) has    70 elements
Group     9 (             C2) has   190 elements
Group    10 (           Tf2N) has   150 elements
Group    11 (            C12) has  1470 elements
Group    12 (             Cl) has    70 elements
Group    13 (             EO) has 17400 elements
Group    14 (            no3) has  5800 elements
Group    15 (         System) has 25080 elements
Select a group:

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发表于 2019-12-23 18:38:36 | 显示全部楼层
LuckyLynn 发表于 2019-12-23 10:40
请问老师,我想算这个体系中团簇的大小,该选哪个组呢,是group 0 吗?
Select group for least squares ...

选对应你的团簇的组
当前体系这么混杂,体系里不只有你要研究的团簇,显然不是0
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发表于 2020-1-2 17:56:38 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-12-23 18:38
选对应你的团簇的组
当前体系这么混杂,体系里不只有你要研究的团簇,显然不是0

谢谢,老师。老师,我还有几个问题是:在算有离子液体形成的簇大小时,我应该按分子归簇还是原子归簇呢?哪个会更好呢?那个-cutoff我需要根据RDF确定吗还是默认状态下的3.5埃米就可以呢?

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发表于 2020-1-3 11:59:45 | 显示全部楼层
LuckyLynn 发表于 2020-1-2 17:56
谢谢,老师。老师,我还有几个问题是:在算有离子液体形成的簇大小时,我应该按分子归簇还是原子归簇呢? ...

分子归簇

用默认的,发现不合适再调

没有叫“埃米”的单位
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发表于 2020-1-3 15:25:03 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-1-3 11:59
分子归簇

用默认的,发现不合适再调

是埃,不是埃米,我弄错了。谢谢老师。我使用命令:gmx_mpi clustsize -f md4.trr -s md4.tpr -n clustsize.ndx -o csize.xpm之后产生了好多文件                                                                                    clustsize.xpm/histo-clust.xvg/maxclust.xvg/avclust.xvg/csize.xpm/csizew.xpm/nclust.xvg 我该分析clustsize.xpm呢还是哪个文件呢?分析的时候还需要用到什么软件吗?比如Origin.还是其他的什么软件呢?

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发表于 2020-1-3 18:00:45 | 显示全部楼层
LuckyLynn 发表于 2020-1-3 15:25
是埃,不是埃米,我弄错了。谢谢老师。我使用命令:gmx_mpi clustsize -f md4.trr -s md4.tpr -n clustsi ...

分析哪个看你的具体目的
gmx clustsize -h看一遍帮助就知道了
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发表于 2020-1-3 20:46:18 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-1-3 18:00
分析哪个看你的具体目的
gmx clustsize -h看一遍帮助就知道了

非常感谢sob老师。

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发表于 2020-1-6 12:22:20 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-1-3 18:00
分析哪个看你的具体目的
gmx clustsize -h看一遍帮助就知道了

请问老师:这里的-cut off的值有没有具体的物理意义,例如我按分子归簇,-cut off设置的值是60,代表的意思是以某一个原子或分子为中心周围60埃以内分布的另一种分子划分为一个簇 吗?如果体系中的簇是由c12mimcl和h2o组成,-cutoff的值应该怎么设?是水分子中的O在c12mim+疏水链最后一个碳原子周围的径向分布函数图中的极小值吗?

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发表于 2020-4-7 17:53:35 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-11-13 22:08
8成是cutoff设的不合理

借老师的这个回答请教一个问题
请问下,使用cluster对结构聚类的时候可以不使用rmsd作为比较结构差异的方法吗?使用别的参数作为比较不同帧之间结构差异的办法可行吗?

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发表于 2020-4-8 07:37:46 | 显示全部楼层
siclin 发表于 2020-4-7 17:53
借老师的这个回答请教一个问题
请问下,使用cluster对结构聚类的时候可以不使用rmsd作为比较结构差异的 ...

原理上可行,但是得自己改程序(其实自己写个往往更容易。诸如gromos归簇算法非常小儿科)
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