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[GROMACS] gmx cluster命令使用请教

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发表于 2019-11-5 10:12:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师,使用gromacs模拟药物分子的自组装,比如水盒子中的20个分子最终团聚成为一个整体的大分子,打算使用gmx cluster -f run.xtc-s run.tpr -n index 命令输出团簇数随时间变化的函数、团簇的大小等参数。但是用这个命令得到的结果非常不准确,(比如团簇数实际是变少的,但是分析结果显示是增多的。)gmx clustsize也有同样的问题。
想请教一下分析团簇的命令应该如何使用呢?感谢。

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发表于 2019-11-5 19:16:06 | 显示全部楼层
cluster是归簇用的,根本不能用于当前目的,你看看比如leach的分子模拟书了解一下归簇算法就知道什么场合才适合使用
clustsize才是用来统计簇的尺寸和数目的
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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-11-5 19:16
cluster是归簇用的,根本不能用于当前目的,你看看比如leach的分子模拟书了解一下归簇算法就知道什么场合才 ...

好的,谢谢老师,可是为什么我用cluster得到的xvg文件中,团簇个数全部是1呢?

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
daydayup 发表于 2019-11-12 18:51
好的,谢谢老师,可是为什么我用cluster得到的xvg文件中,团簇个数全部是1呢?

8成是cutoff设的不合理
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 楼主| 发表于 3 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-11-13 22:08
8成是cutoff设的不合理

好的,谢谢老师
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