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[GROMACS] 按照sob老师的教程安装虚拟机和gromacs求助

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发表于 2019-11-5 14:19:25 | 显示全部楼层 |阅读模式
前几次问题出现后我删除了模拟机并重新按照sob老师的教程安装虚拟机和gromacs,之后按照教程我也很快接近成功但最后一步出现了这样一个问题。我也很感谢能遇到这么好的平台,所以我真的很感谢sob老师能在百忙之中帮助我解决小小的问题,真心希望我能安装好gromacs
错误2.png

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发表于 2019-11-5 15:23:01 | 显示全部楼层
1. “按照教程”是完全一模一样的操作步骤吗?应该把安装步骤截图保存下来再来问。这个报错信息用bing查了一下应该是内存不足,可以给虚拟机分配更多内存试试。
2. 博文中有这么一句话,“本文用make的时候使用了-j选项以通过并行编译降低编译耗时,但个别情况下可能导致编译出错,在虚拟机下编译还有卡住的可能,届时请去掉-j再试”,所以去掉-j再试一下。
3. 实在解决不了,请个卖服务器的过来装一下,找老板报销即可。
没必要出一个错发一个帖子,在之前的帖子可以继续提问。

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发表于 2019-11-5 15:46:35 | 显示全部楼层
我之前也遇到gmx编译时内存不够的问题,正如楼上所说,去掉-j,使用单核编译,内存需求量就会大大减小。

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发表于 2019-11-5 17:19:42 | 显示全部楼层
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-11-5 17:21 编辑

做个提醒。(相比量化计算来说)做分子动力学是操作比较繁琐的事情,需要对相关理论概念、Linux操作等有至少基础的了解,对仔细阅读手册、教程、仔细检索网上已有信息、耐心的debug有一定的需求。如果在有详细视频教程的前提下光安装软件就隔几个小时发一个帖子,除非能找到身边人手把手指导,否则要对后面可能遇到的困难做好心理准备。

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 楼主| 发表于 2019-11-5 18:31:01 | 显示全部楼层
h840473807 发表于 2019-11-5 15:46
我之前也遇到gmx编译时内存不够的问题,正如楼上所说,去掉-j,使用单核编译,内存需求量就会大大减小。

谢谢,成功了

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 楼主| 发表于 2019-11-5 18:31:54 | 显示全部楼层
灰天皮匠 发表于 2019-11-5 15:23
1. “按照教程”是完全一模一样的操作步骤吗?应该把安装步骤截图保存下来再来问。这个报错信息用bing查了 ...

谢谢,第一次来这里请多多关照,还有我没老板只是一个本一的医学生
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