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[VASP] 用VASP计算完Metadynamics,如何提取free energy变化结果?

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发表于 2019-11-5 14:49:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 菜鸡互啄 于 2019-11-5 15:15 编辑

各位老师好,
    我用vasp进行了一个metadynamics的计算,模拟金属离子配合物距离Al原子距离越来越远的free energy变化,如图1所示。计算完成后通过VMD观察结果是可以接受的,现在想得到跟图2一样的结果。那么,我该如何提取出每一步的自由能和与之对应的 金属离子-Al 原子间距呢?相关的信息都保存在哪个文件中呢?
    我的ICONST是  R 79 55 5, 想输出的也是这两个原子的间距。
    感谢大家的指点和帮助!

图1

图1

图2

图2

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发表于 6 天前 | 显示全部楼层
你好。关于这一点,有新的进展吗?是不是需要额外的脚本的来处理得到自由能变化呢?我看到WHAM method可以去求得自由能变化

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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
李朋 发表于 2019-11-13 13:33
你好。关于这一点,有新的进展吗?是不是需要额外的脚本的来处理得到自由能变化呢?我看到WHAM method可以 ...

木有进展啊,这个帖子你是第一个回复的。。
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