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[GROMACS] 请问:显式溶剂模型中,两个溶质分子会结合还是会散开取决于什么呢?

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发表于 2019-11-8 10:00:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师好,大家好,我计算了两个分子在溶剂中的结合情况。虽然两个分子间的相互作用小于它们各自和周围溶剂分子的相互作用,但是它们在20ns内还是一直结合着的。请问两个溶质分子会结合还是会散开取决于什么呢?对比两种相互作用大小可以说明什么呢?
谢谢!

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发表于 2019-11-8 17:11:05 | 显示全部楼层
取决于两个分子在溶剂中的结合能力是否强于几何熵促进它们分离的能力

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 楼主| 发表于 2019-11-9 05:09:56 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2019-11-8 03:11
取决于两个分子在溶剂中的结合能力是否强于几何熵促进它们分离的能力

谢谢。计算熵变的话该选谁为计算对象呢?计算哪个过程的熵变呢?谢谢!
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发表于 2019-11-9 09:28:25 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-11-9 05:09
谢谢。计算熵变的话该选谁为计算对象呢?计算哪个过程的熵变呢?谢谢!

几何熵的贡献是固定的,如果你做PMF计算的话会包括在PMF当中(PMF会有一个不断下降的趋势)

距离为反应坐标的话,几何熵贡献为-2*kB*T*ln(r)

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 楼主| 发表于 2019-11-9 12:55:49 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-11-8 22:57 编辑
fhh2626 发表于 2019-11-8 19:28
几何熵的贡献是固定的,如果你做PMF计算的话会包括在PMF当中(PMF会有一个不断下降的趋势)

距离为反 ...

谢谢回复。问题是我不会做PMF。我用MD观察到了两个分子在溶剂中散开或者没散开,若是想解释为什么散开或没散开,用量化(Gaussian)和MD(GROMACS)研究的话,可以怎么做呢?谢谢~!
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发表于 6 天前 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-11-9 12:55
谢谢回复。问题是我不会做PMF。我用MD观察到了两个分子在溶剂中散开或者没散开,若是想解释为什么散开或 ...

量化角度就计算两个分子分别在溶剂下的自由能之和,以及二聚体在溶剂下的自由能,进行对比

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 楼主| 发表于 5 天前 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-11-11 16:09 编辑
sobereva 发表于 2019-11-10 20:52
量化角度就计算两个分子分别在溶剂下的自由能之和,以及二聚体在溶剂下的自由能,进行对比

谢谢老师。请问从MD的角度可以解释吗?该怎样研究呢?
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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-11-12 05:53
谢谢老师。请问从MD的角度可以解释吗?该怎样研究呢?

MD角度前面的人已经说了,PMF可以考察,相当于结合路径上的自由能面

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