请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 519|回复: 7

[GROMACS] 请问:显式溶剂模型中,两个溶质分子会结合还是会散开取决于什么呢?

[复制链接]

315

帖子

0

威望

1251

eV
积分
1566

Level 5 (御坂)

发表于 2019-11-8 10:00:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师好,大家好,我计算了两个分子在溶剂中的结合情况。虽然两个分子间的相互作用小于它们各自和周围溶剂分子的相互作用,但是它们在20ns内还是一直结合着的。请问两个溶质分子会结合还是会散开取决于什么呢?对比两种相互作用大小可以说明什么呢?
谢谢!

你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

590

帖子

4

威望

3522

eV
积分
4192

Level 6 (一方通行)

发表于 2019-11-8 17:11:05 | 显示全部楼层
取决于两个分子在溶剂中的结合能力是否强于几何熵促进它们分离的能力

评分

参与人数 1eV +2 收起 理由
yihanxu + 2 谢谢

查看全部评分

315

帖子

0

威望

1251

eV
积分
1566

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2019-11-9 05:09:56 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2019-11-8 03:11
取决于两个分子在溶剂中的结合能力是否强于几何熵促进它们分离的能力

谢谢。计算熵变的话该选谁为计算对象呢?计算哪个过程的熵变呢?谢谢!
你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

590

帖子

4

威望

3522

eV
积分
4192

Level 6 (一方通行)

发表于 2019-11-9 09:28:25 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-11-9 05:09
谢谢。计算熵变的话该选谁为计算对象呢?计算哪个过程的熵变呢?谢谢!

几何熵的贡献是固定的,如果你做PMF计算的话会包括在PMF当中(PMF会有一个不断下降的趋势)

距离为反应坐标的话,几何熵贡献为-2*kB*T*ln(r)

评分

参与人数 1eV +2 收起 理由
yihanxu + 2 谢谢

查看全部评分

315

帖子

0

威望

1251

eV
积分
1566

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2019-11-9 12:55:49 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-11-8 22:57 编辑
fhh2626 发表于 2019-11-8 19:28
几何熵的贡献是固定的,如果你做PMF计算的话会包括在PMF当中(PMF会有一个不断下降的趋势)

距离为反 ...

谢谢回复。问题是我不会做PMF。我用MD观察到了两个分子在溶剂中散开或者没散开,若是想解释为什么散开或没散开,用量化(Gaussian)和MD(GROMACS)研究的话,可以怎么做呢?谢谢~!
你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
54345

管理员

公社社长

发表于 2019-11-11 10:52:32 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-11-9 12:55
谢谢回复。问题是我不会做PMF。我用MD观察到了两个分子在溶剂中散开或者没散开,若是想解释为什么散开或 ...

量化角度就计算两个分子分别在溶剂下的自由能之和,以及二聚体在溶剂下的自由能,进行对比

评分

参与人数 1eV +5 收起 理由
yihanxu + 5 谢谢

查看全部评分

第12届北京科音初级量子化学培训班将于六月举办!是零基础和初学者速成量子化学计算的非常难得和宝贵的机会,欢迎参加!详情和报名方式见http://www.keinsci.com/workshop/12KEQC
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计约6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

Money and papers are rubbish, get a real life!

315

帖子

0

威望

1251

eV
积分
1566

Level 5 (御坂)

 楼主| 发表于 2019-11-12 05:53:24 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-11-11 16:09 编辑
sobereva 发表于 2019-11-10 20:52
量化角度就计算两个分子分别在溶剂下的自由能之和,以及二聚体在溶剂下的自由能,进行对比

谢谢老师。请问从MD的角度可以解释吗?该怎样研究呢?
你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
54345

管理员

公社社长

发表于 2019-11-13 22:15:39 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-11-12 05:53
谢谢老师。请问从MD的角度可以解释吗?该怎样研究呢?

MD角度前面的人已经说了,PMF可以考察,相当于结合路径上的自由能面

评分

参与人数 1eV +5 收起 理由
yihanxu + 5 谢谢

查看全部评分

第12届北京科音初级量子化学培训班将于六月举办!是零基础和初学者速成量子化学计算的非常难得和宝贵的机会,欢迎参加!详情和报名方式见http://www.keinsci.com/workshop/12KEQC
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计约6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

Money and papers are rubbish, get a real life!
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2020-5-28 14:31 , Processed in 0.174945 second(s), 29 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表