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[GROMACS] gromacs中如何人为调节分子间的相互作用力

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发表于 2019-11-8 16:11:53 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位前辈好,

小弟最近在用gromacs模拟多组分自组装行为,例如体系中有两种组分,A和B,我想把A-A间的相互作用调整为一半,而不改变A-B间的相互作用大小,

或者是关闭A-A之间的静电/范德华相互作用,而不关闭A-B间的静电/范德华相互作用,请问应该怎么实现呢?

小弟拜谢。

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发表于 2019-11-8 19:00:37 | 显示全部楼层
charmm力场里面的nbfix项可以单独修改AA间的作用力

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 楼主| 发表于 2019-11-8 21:09:47 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2019-11-8 19:00
charmm力场里面的nbfix项可以单独修改AA间的作用力

小弟目前用的是gromos,不知前辈知道在gromos力场或者amber力场下如何实现吗

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发表于 2019-11-11 11:02:40 | 显示全部楼层
“关闭A-A之间的静电/范德华相互作用”设置energygrp-excl为A A就可以,但如果你是指只关掉静电或者只关掉范德华,那就得在拓扑文件上做文章了
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 楼主| 发表于 2019-11-11 13:40:44 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-11-11 11:02
“关闭A-A之间的静电/范德华相互作用”设置energygrp-excl为A A就可以,但如果你是指只关掉静电或者只关掉 ...

多谢sob老师,我打算分别关闭静电、和范德华,考察对体系的影响。
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