基于xtb的amberQM/MM模拟

纪山

wuzhiyi 发表于 2020-1-7 01:46
我也觉得效率差，主要时间都在读写文件上了，不过我感兴趣的东西一般20ps就好收敛，挂一晚上第二天就好。 ...

那如果使用固态硬盘会不会速度快一点？

纪山

霜晨月 发表于 2020-1-6 14:26
折腾了N天，终于编译出来了，简单报告一下结果。

ifort和icc尝试了好几个版本，最后用的是Intel compile ...

如此说来，没有实用价值咯？

霜晨月

纪山 发表于 2020-1-15 10:25
如此说来，没有实用价值咯？

当然有实用价值了啊，每天几十ps已经是飞快了
我说的是并行效率很低，但是可以不并行，单核跑单任务

wuzhiyi

纪山 发表于 2020-1-15 10:25
如此说来，没有实用价值咯？

做MD一般就Gromacs，amber和NAMD，Gromacs的QM/MM就是残废，NAMD的xtb插件有http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ighlight=namd%2Bxtb。
NAMD效率比amber快一倍，究竟值不值得就见仁见智了，不过我不喜欢NAMD，所有就剩amber咯。。。据我所知，对最新版的amber目前就这一个解决方案。
当然直接写一个amber插件会又快又好，写一个是不难，不过我个人对amber dev有点意见，对sander的QM/MM这块有很大的意见，个人觉得是个屎坑，所有不怎么想搞。。。

wuzhiyi

纪山 发表于 2020-1-15 10:22
，虽然有Holger Kruse写了一个amber/xtb的interface，   ------------------  请问，Holger Kruse 的这篇 ...

直接问他要kruse@ibp.cz
我是没搞成功

纪山

wuzhiyi 发表于 2020-1-15 22:28
直接问他要
我是没搞成功

向他要了，还未回信。估计凉了。

纪山

wuzhiyi 发表于 2020-1-15 22:24
做MD一般就Gromacs，amber和NAMD，Gromacs的QM/MM就是残废，NAMD的xtb插件有http://bbs.keinsci.com/foru ...

对sander的QM/MM这块有很大的意见，个人觉得是个屎坑，----- 您觉得有哪些BUG？

wuzhiyi

纪山 发表于 2020-1-21 11:02
对sander的QM/MM这块有很大的意见，个人觉得是个屎坑，----- 您觉得有哪些BUG？

sander本身就写的很糟心啊 不要说和别的比 就和pmemd比就看得出了

纪山

wuzhiyi 发表于 2020-1-21 19:28
sander本身就写的很糟心啊 不要说和别的比 就和pmemd比就看得出了

看来您是介意它的速度了

wuzhiyi

纪山 发表于 2020-1-21 20:19
看来您是介意它的速度了

主要问题是coding style和代码水平，速度只是结果了。

纪山

wuzhiyi 发表于 2020-1-22 00:47
主要问题是coding style和代码水平，速度只是结果了。

是的

纪山

wuzhiyi 发表于 2020-1-22 00:47
主要问题是coding style和代码水平，速度只是结果了。

请问您，您写的xtb-dendrite，xtb是哪个版本呀？6.2吗？

wuzhiyi

纪山 发表于 2020-3-16 21:15
请问您，您写的xtb-dendrite，xtb是哪个版本呀？6.2吗？

是的 不过我只改了xtb/single.f90这一个文件
https://github.com/xiki-tempula/ ... 541470d58508df4eeea
你可以自己把这一条改到最新的xtb上

yjb

老师，最新版的amber22/orca/xtb跑QM/MM MD是不是不存在这样的问题了？

wuzhiyi

yjb 发表于 2022-10-25 10:57
老师，最新版的amber22/orca/xtb跑QM/MM MD是不是不存在这样的问题了？

不晓得 我现在都转OpenMM了 不过听过amber现在有了新的QM/MM模块