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[GROMACS] 液滴蒸发热浴方法选择问题

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sob老师,我在重复您在讲义里液滴蒸发的实验中,发现在成品模拟的mdp文件中,采用nose-hoover热浴要比v-rescale热浴时水分子蒸发的快很多,请问这是为什么呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2019-11-13 14:17:13 | 只看该作者 Only view this author
可以监控一下温度变化进行对比。这和方法原理有关,也和你用的tau_t有关
我不建议用nose-hoover(特别是非平衡过程),比v-rescale没好处
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-13 20:36:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mjluan 于 2019-11-13 21:07 编辑
sobereva 发表于 2019-11-13 14:17
可以监控一下温度变化进行对比。这和方法原理有关,也和你用的tau_t有关
我不建议用nose-hoover(特别是非 ...

谢谢老师,我还想请问一下,tau-t的大小对这个过程有什么影响吗?如果采用v-rescale热浴,tau-t一般设为多少合适呢?

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发表于 Post on 2019-11-13 21:57:44 | 只看该作者 Only view this author
mjluan 发表于 2019-11-13 20:36
谢谢老师,我还想请问一下,tau-t的大小对这个过程有什么影响吗?如果采用v-rescale热浴,tau-t一般设为 ...

就用常用的0.5 ps就行了,不需要太讲究。数值越小热浴效果越强、偏离参考温度程度越低,微观涨落也越不明显
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-14 11:15:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-13 21:57
就用常用的0.5 ps就行了,不需要太讲究。数值越小热浴效果越强、偏离参考温度程度越低,微观涨落也越不明 ...

谢谢老师

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