求助，使用grompp命令时，出现了以下错误

Emma_Zzz

gromacs运行grompp出现：
WARNING 1 [file em.mdp]:
  The sum of the two largest charge group radii (2.100991) is larger than rlist (1.000000)
请问具体是哪里有问题，应该怎么修改啊？
这是我的em.mdp文件：
title               =  fws                                                
cpp                 =  /usr/bin/cpp                                 
define              =  -DFLEX_SPC                                    
constraints         =  none                                          
integrator          =  steep                                             
dt                  =  0.002    ; ps !                                    
nsteps              =  5000                                                
nstlist             =  10                                                
ns_type             =  grid                                               
rlist               =  1.0                                                
coulombtype         =  PME                                          
rcoulomb            =  1.0                                                
vdwtype             =  cut-off                                            
rvdw                =  1.4                                                
fourierspacing                =  0.12                                          
fourier_nx                =  0                                             
fourier_ny                =  0                                             
fourier_nz                =  0                                             
pme_order                =  6                                             
ewald_rtol                =  1e-5                                          
optimize_fft                =  yes                                            
;                                                                        
;       Energy minimizing stuff                                          
;                                                                        
emtol               =  1000.0                                             
emstep              =  0.01                  

sobereva

写上cutoff-scheme=verlet再试

Emma_Zzz

sobereva 发表于 2019-11-15 00:08
写上cutoff-scheme=verlet再试

谢谢sob老师！
在写上cutoff-scheme=verlet，并将rvdw 也设定为1.0后，未出现报错。
想问一下老师，选择verlet截断会对体系或者后续能量计算有什么影响吗，会有区别吗？

sobereva

Emma_Zzz 发表于 2019-11-15 09:46
谢谢sob老师！
在写上cutoff-scheme=verlet，并将rvdw 也设定为1.0后，未出现报错。
想问一下老师，选 ...

用groups方式构建邻居列表时，如果charge group太大则没有实际价值，提示里也已经写了。
现在一律应当用verlet

Emma_Zzz

sobereva 发表于 2019-11-16 13:11
用groups方式构建邻居列表时，如果charge group太大则没有实际价值，提示里也已经写了。
现在一律应当用 ...

好的，谢谢sob老师！