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[新手求助] Gaussian计算过程肽的电荷设置问题?

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楼主
请教各位一个问题,构建4个氨基酸形成的肽,但是氨基、氨基残基有8个位点质子化。理论上电荷应该是+8,但总感觉不对,因为如果蛋白质体系很大的话,岂不是质子化导致的电荷成千上万?请问遇到这种质子化的情况,应该如何设电荷数?
谢谢!

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发表于 Post on 2019-11-18 11:18:11 | 只看该作者 Only view this author
溶液环境下计算通常考虑抗衡离子,或者靠隐式溶剂模型描述
而气相环境下不会是带电状态
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-18 12:49:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-18 11:18
溶液环境下计算通常考虑抗衡离子,或者靠隐式溶剂模型描述
而气相环境下不会是带电状态

谢谢!如果考虑到计算难度,能否把质子化的结构在气相条件优化,完成后加上溶剂进行振动分析呢?
ps. 溶剂下的振动分析能否用来做FTIR分析?

谢谢!

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发表于 Post on 2019-11-19 14:23:10 | 只看该作者 Only view this author
显然不行。氨基酸多聚体的构象和构型在气相中和液相中是有区别的,这一区别已经有大量文献报道。构型都不一样,化学键振动怎么会一样呢?

溶剂下的分析当然可以与实验结果对照,但计算不能指导实验,FTIR以实验为准。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-19 17:44:03 | 只看该作者 Only view this author
pcxlm1 发表于 2019-11-19 14:23
显然不行。氨基酸多聚体的构象和构型在气相中和液相中是有区别的,这一区别已经有大量文献报道。构型都不一 ...

谢谢回复!

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发表于 Post on 2019-11-20 02:00:51 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2019-11-18 12:49
谢谢!如果考虑到计算难度,能否把质子化的结构在气相条件优化,完成后加上溶剂进行振动分析呢?
ps. 溶 ...

优化时用溶剂模型并不会增加计算难度,耗时也并不会增加特别多,带电体系一定要在溶剂模型下优化,否则结构可能和实际差老远
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-20 15:07:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-20 02:00
优化时用溶剂模型并不会增加计算难度,耗时也并不会增加特别多,带电体系一定要在溶剂模型下优化,否则结 ...

谢谢Sob回复!

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