求助：怎样做能让能量极小化收敛

yihanxu · 发表于 Post on 2019-11-18 16:53:35

本帖最后由 yihanxu 于 2019-11-18 23:44 编辑

老师好，大家好，体系EM时，试过用cg或l-bfgs, 但原子最大受力只能到1000 (kJ/mol/nm)、收敛不到设置的100 (kJ/mol/nm)。求助：怎样才能让体系在EM后收敛到max-F<100呢？感谢！

Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to machine precision in -1 steps,
but did not reach the requested Fmax < 100.
Potential Energy  = -2.3578552e+06
Maximum force    =  9.9664417e+02 on atom 3998
Norm of force    =  1.9627397e+02

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-20 02:27:35

有什么必要非要收敛到100？
如果是为了MD，只要MD能正常跑起来就行，根本不需要EM的精度有多高

yihanxu · 发表于 Post on 2019-11-20 09:42:45

本帖最后由 yihanxu 于 2019-11-19 23:14 编辑

sobereva 发表于 2019-11-19 12:27
有什么必要非要收敛到100？
如果是为了MD，只要MD能正常跑起来就行，根本不需要EM的精度有多高

谢谢老师回复。平衡相MD跑不起来，观察到其他类似体系要是收敛到<100就可以跑起来了，所以想收敛到<100。体系里有很多高分子链。怎样解决平衡相MD跑不起来或者EM不收敛呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-23 07:54:32

yihanxu 发表于 2019-11-20 09:42
谢谢老师回复。平衡相MD跑不起来，观察到其他类似体系要是收敛到

最终收敛到什么结构就用什么结构。或者非要收敛精度更高，尝试用双精度版本，或者尝试改变em算法、步长等

MD一开始跑不起来原因很多。尝试让温度从0开始升温，初期用较小步长，等跑一阵子再换成原先步长。

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