计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11147|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 模拟tip4p水模型时出现错误,求帮助

[复制链接 Copy URL]

11

帖子

0

威望

65

eV
积分
76

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
最近在模拟tip4p水模型时,到npt这一步总是出现错误,因为是用的自己写的top和gro文件,不知道问题出在哪里。
下面是报错内容:
Program:     gmx mdrun, version 2016.4
Source file: src/gromacs/mdlib/constr.cpp (line 167)

Fatal error:
Too many LINCS warnings (1125)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in
your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
希望大神指教,如果有跑水的例子,希望发一下,万分感谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-11-25 20:08:42 | 只看该作者 Only view this author
mdp设置不当、拓扑文件不合理等等
参考我这里发的例子http://bbs.keinsci.com/thread-15520-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 10:35 , Processed in 0.248023 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list