gromacs模拟溶剂环境，有机强酸如何体现酸的电离？

yuying348 · 发表于 Post on 2019-11-29 09:28:05

请教老师，用gromacs模拟两种溶剂1.对甲基苯磺酸-乙醇混合溶液，2.对甲基苯磺酸-乙醇-水混合溶液（对甲基苯磺酸是有机强酸，在水中会完全电离）我分别用 packmol建模，采用GAFF力场，RESP电荷，跑完MD两种溶剂几乎看不出差别，对甲基苯磺酸都没有电离。请教老师，对于2号混合溶液，怎么样做可以体现酸的电离？

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-29 09:51:55

注意看清楚板块再发贴，求助帖别发到资源分享子版块，给你移动了

当前体系氢被bond项连着，当然不会在模拟过程中自发解离。应当模拟的是对甲基苯磺酸根和质子化溶剂阳离子

yuying348 · 发表于 Post on 2019-11-29 12:00:06

谢谢社长。根据您的提示，对于2号溶剂，模拟对甲基苯磺酸根离子，水合氢离子，乙醇三种组分用packmol来建模，对吗？水合氢离子有点特殊，如果用GAFF力场该怎么处理？

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-30 03:38:17

yuying348 发表于 2019-11-29 12:00
谢谢社长。根据您的提示，对于2号溶剂，模拟对甲基苯磺酸根离子，水合氢离子，乙醇三种组分用packmol来建模 ...

不光是水合氢离子，还有可能有质子化的乙醇出现

按照一般拓扑文件规则自己手写，可以用比如在氨气分子基础上进行编辑

yuying348 · 发表于 Post on 2019-12-1 00:10:43

谢谢社长。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] gromacs模拟溶剂环境，有机强酸如何体现酸的电离？

评分 Rate