求助，CUDA的GPU加速失败，但gromacs安装正常运行

lao7

按照Sob.发的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html （GPU加速也编译了），安装gromacs2018版本，显卡用的铭瑄2070 super的CUDA加速。显卡驱动从nvidia下载联网正常安装至默认路径。
图1.是所有安装完成后，gmx -version显示的结果；图2 显示正式模拟时的提示：GPU加速失败。
ps: 模拟之前，运行文件是在没有CPU加速的机器上产生的文件，而后加了显卡CUDA之后，继续运行最后1步。这不会有影响吧？实在弄不明白了！弄了一天。请各位帮助解决！谢谢各位了。


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首先谢谢各位的回复，使我受益匪浅！为了做个记录，也为了遇到相同的问题的同仁能够看到便于找到问题症结。我把处理这个问题的心得放上面：


第一个遇到的问题：花费了整整假期三天，为了装Gromacs的GPU加速，把机器给搞崩溃了！后来没有办法重新装centos 7。真是屋漏偏逢连夜雨！试了各种方法，CentOS 7的版本用U盘装不上，后来改用外置光盘装。但遇到相同的问题。主要原因是：加了独立显卡，主板不认；并且添置了独立显卡HDMI到VGA显示器的转换器。这主要原因是主板检测外置配件不正常，报错！错误显示是检测不到CPU。其实是独立显卡的问题。解决办法：把主板跳线拨成集显，显示器接到集成主板显卡上安装。系统装上之后，再连接独显即可。


第二个遇到的问题：GPU的驱动和CUDA安装绝对不是一件轻松的事情。解决方法是：
（1）先root权限安装gcc、kernel-devel、kernel-headers；
（2）下载CUDA，注意Nvidia官网上的显卡驱动版本低于cuda runtime。所以这一步根据官网下面的指导，先安装cuda。驱动先不要选择安装（其实，也装不上，会报错）；再接着根据显卡型号，在中国域名的官网下载该网卡驱动，这个驱动的版本要比CUDA包里面的版本高（第五步备用）；（l谢谢iuyuje714提醒）。
（3）这一步是很多人遇到的问题。以为下载CUDA安装就行了。其实，由于linux系统内的集成显卡驱动的存在，会导致独立显卡驱动无法安装（第二步只能安装上cuda，但报错）；所以接下来需要init 3进入非桌面的操作模式。
（4）进入操作模式后，首先修改、阻止阻止 nouveau 模块的加载；重新建立initramfs image文件（网上可以查到具体方法）。
（5）然后安装第五步的网卡驱动，这里面需要一个语句（# ./NVIDIA-XXXX.run --kernel-source-path=/usr/src/kernels/内核号），后面的内核号 就是前面安装的kernel-devel.rpm的号。
（6）安装好之后，nvidia-smi命令，查看GPU驱动及CUDA驱动情况。（7）reboot, init 5回到桌面模式。习惯而已！


总结！摸索的过程太辛苦了。尤其对于非计算机专业出身的人。但终于搞定了！


遗留的问题：感谢liuyuje714提的意见！提到cmake的版本高于3.13可能导致gromacs2018无法编译。我尝试用最高的版本，没有遇到这个可能的问题！
他提到的第二个问题-DGMX_SIMD=AVX2_256，我确实在之前编译的时候出错了，我的CPU是V3，不支持AVX2_256，编译出错。但是换成AVX2就正常编译通过！
总之，导致上述问题的核心原因是：由于linux集成显卡的存在，会导致独立显卡驱动和cuda无法正常安装！这需要先弄掉集显，再逐步安装。

liuyuje714

显卡驱动版本不能比cuda runtime版本低。请升级显卡驱动。其次，你这个编译的simd也有问题，建议手动设置-DGMX_SIMD=AVX2_256，可能是因为你cmake的版本高于3.13，导致gmx无法自动检测到simd，这是个bug，貌似全系列gmx都是如此。

lao7

liuyuje714 发表于 2019-11-29 22:25
显卡驱动版本不能比cuda runtime版本低。请升级显卡驱动。其次，你这个编译的simd也有问题，建议手动设置-D ...

谢谢！我有两个问题追问一下：1）升级显卡驱动，一般您是如何执行？单独下载高级版本的显卡驱动安装吗？2）手动设置-DGMX_SIMD=AVX2_256，请问如何执行？重新低版本的cmake3.13编译加这个语句行不行。

谢谢！

Daniel_Arndt

lao7 发表于 2019-11-30 10:16
谢谢！我有两个问题追问一下：1）升级显卡驱动，一般您是如何执行？单独下载高级版本的显卡驱动安装吗？2 ...

第一个问题我不了解。第二个问题，直接在cmake的参数里面加上“-DGMX_SIMD=AVX2_256”，我在cmake 3.13.3上试过的，应该没有什么毛病。