水和酒精的混合溶液NVT出现奇怪的孔

zxmxyh · 发表于 Post on 2019-12-13 10:29:41

本帖最后由 zxmxyh 于 2019-12-13 11:20 编辑

大家好，最近做了一个简单的酒精和水的混合物的模拟:（1）用Charmm-GUI的Solution Builder构建了一个TIP3p水盒子（2）在ATB上下载了单个酒精的pdb(http://atb.uq.edu.au/molecule.py?molid=360413#panel-md)并在LigParGen上生成了对应的itp文件
（3）添加酒精到盒子里 gmx insert-molecules -f water.gro -ci ethanol.pdb -nmol 900 -o water-ethanol.gro -replace TIP3
（4）做em和nvt，得到的nvt.gro出现奇怪的孔(如下图）

是不是由于Charmm-GUI用的Charmm36m力场和ATB的Gromos54a7力场不兼容导致？

liuyuje714 · 发表于 Post on 2019-12-13 10:40:49

有两点需要注意。第一，力场不可混用，LigParGen产生的是opls力场参数，确保水的和乙醇力场相同。第二，对于这种有机溶剂体系，不要一开始就用nvt，因为这里的系统密度本生并不合理(这里的空洞)，建议先用npt平衡一下体系密度，此时盒子一般会减小。

zxmxyh · 发表于 Post on 2019-12-13 10:47:41

liuyuje714 发表于 2019-12-13 10:40
有两点需要注意。第一，力场不可混用，LigParGen产生的是opls力场参数，确保水的和乙醇力场相同。第二，对 ...

感谢！我想用Membrane-builder，但是找不到Charmm36下的对应的酒精

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-12-13 11:52:23

ligpargen没问题的，OPLS力场也用的TIP3P水模型

别用NVT就行

zxmxyh · 发表于 Post on 2019-12-13 13:57:30

fhh2626 发表于 2019-12-13 11:52
ligpargen没问题的，OPLS力场也用的TIP3P水模型

别用NVT就行

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-13 21:33:12

直接用gmx solvate建水盒子就完了，何必用Charmm-GUI。酒精直接用gview画一下就完了，也根本没必要去ATB上下载。

当前问题和Membrane-builder毫无直接关系。要获得兼容CHARMM36的小分子参数用CGenFF

当前问题根本就不牵扯到Gromos54a7力场

你对力场的理解和逻辑太乱
这种体系显然得用NPT，你又不可能让初始的密度和实际的密度一样。

agent99 · 发表于 Post on 2019-12-14 04:57:18

盒子太大了，要做NPT平衡一下

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[GROMACS] 水和酒精的混合溶液NVT出现奇怪的孔

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