计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10824|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 利用径向分布函数计算油滴质心周围其它组分径向密度分布求助

[复制链接 Copy URL]

92

帖子

0

威望

2464

eV
积分
2556

Level 5 (御坂)

目前我的模型是一个油滴四周吸附着表面活性剂,想计算以油滴质心为中心的各组分的径向密度分布。想通过计算油滴质心周围其他组分的镜像分布函数来进行转化,计算油滴组分的命令是 gmx rdf -f npt.xtc -s npt.tpr -ref 'com of resname OIL' -sel 'resname OIL' -b 18000 -e 20000 -o rdf-density-oil

最终转化的结果确是产生了一个峰值,请问我的错误出现在了哪里?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-12-16 10:58:54 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素(仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),我已把你的不恰当标题“利用径向分布函数计算径向密度分布”改了,以后务必注意

我看不懂你的问题
-ref和-sel选的都是OIL,怎么可能考察油滴周围其它组分?-sel明显设的不对

如果油滴是球对称的,用rdf分析也不是什么好的选择,统计从整个油滴质心到外侧不同径向距离的其它组分的粒子数和数密度变化有意义得多

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

92

帖子

0

威望

2464

eV
积分
2556

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-16 14:35:55 | 只看该作者 Only view this author
老师,十分抱歉,以后我一定注意
我在此处选择-sel 'resname OIL'是为了计算相对于油滴质心油分子的分布,计算表面活性剂会相应的进行替换
“统计从整个油滴质心到外侧不同径向距离的其它组分的粒子数和数密度变化”,统计粒子数可以通过rdf命令中的-cn命令实现,关于数密度分布应该具体如何操作计算呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2019-12-19 19:03:59 | 只看该作者 Only view this author
自己写个VMD的tcl脚本分析很容易





北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

92

帖子

0

威望

2464

eV
积分
2556

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-20 16:23:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-19 19:03
自己写个VMD的tcl脚本分析很容易

嗯嗯好的我试一下 谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 18:51 , Processed in 0.232307 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list