使用GBSA隐式溶剂模型模拟时mdp如何设置

苏玖染

如题，我设置了一些mdp参数，但是跑em总是出现力过大的问题

integrator             = steep
nsteps                 = 5000
emtol                  = 1000
emstep                 = 0.01
comm_mode         = angular
nstcomm              = 10

nstxout                = 250        ; save coordinates to .trr every 250 steps
nstvout                = 0          ; don't save velocities to .trr
nstfout                = 0          ; don't save forces to .trr

nstxout-compressed     = 500        ; xtc compressed trajectory output every 500 steps
compressed-x-precision = 1000
nstlog                 = 500        ; update log file every 500 steps
nstenergy              = 500        ; save energies every 500 steps
nstcalcenergy          = 100

cutoff-scheme       =  group
rlist               =  60
rvdw                =  60
rcoulomb        =  60
coulombtype        =  cut-off
vdwtype            =  cut-off
bd_fric             =  0
ld_seed             =  -1
pbc                 =  no
ns_type             =  simple
constraints         = h-bonds
lincs_order         = 4
lincs_iter          = 1
lincs-warnangle     = 30

; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS
; Algorithm for calculating Born radii
gb_algorithm             = Still
; Frequency of calculating the Born radii inside rlist
nstgbradii               = 1
; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms
; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps
rgbradii                 = 5
; Dielectric coefficient of the implicit solvent
gb_epsilon_solvent       = 80
; Salt concentration in M for Generalized Born models
gb_saltconc              = 0
; Scaling factors used in the OBC GB model. Default values are OBC(II)
gb_obc_alpha             = 1
gb_obc_beta              = 0.8
gb_obc_gamma             = 4.85
gb_dielectric_offset     = 0.009
sa_algorithm             = Ace-approximation
; Surface tension (kJ/mol/nm^2) for the SA (nonpolar surface) part of GBSA
; The value -1 will set default value for Still/HCT/OBC GB-models.
sa_surface_tension       = -1


请问有哪里有问题，因为我的蛋白是自己建立的，做成之后是直线型的，需要通过隐式溶剂下预优化来使之平衡，但一直出错，跑em一直出现力过大，降不下来的问题，但从实际看，不应该存在这样的问题，也就是说我的分子没有明显不合理的接触，去掉隐式溶剂模型的相关设置之后跑真空的，却可以跑

sobereva

参考例子
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2019-12-16 17:45 上传 Uploaded

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跑一般蛋白没问题

苏玖染

sobereva 发表于 2019-12-16 17:46
参考例子

谢谢sob老师