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[新手求助] HO2、OH对戊醇氢提取的络合物判断与寻找请教

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本帖最后由 jing-quan63 于 2019-12-19 15:47 编辑

大家好:
    最近在计算HO2、OH对戊醇氢提取反应速率,对类似体系,通常存在络合物,有以下问题请教:
   1:如何判断当前体系有无络合物存在?是否存在类似T1诊断值的判断标准?
   2:如何确定络合物结构,听说可以把IRC走得充分后,取两端结构进行优化,低于反应物或者产物能量的结构就是RC和PC,那么,走多长才叫充分呢?
谢谢大家!

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发表于 Post on 2019-12-19 15:19:33 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素(仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),我已把你的不恰当标题“络合物判断与寻找”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2019-12-19 15:26:01 | 只看该作者 Only view this author
放在一起做几何优化便知,优化出的结构里只要二者没有形成化学键就算形成了复合物。是否成键可以根据下文判断
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

优化完了自然就得到了复合物结构。
先找过渡态再走IRC,对两端结构进行几何优化亦可得到,而且这样可以确保对应的是和过渡态直接相连的极小点
走默认的步数就够了,极个别情况如果发现优化到诡异结构去,可以让IRC跑几十步
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-19 15:45:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-19 15:26
放在一起做几何优化便知,优化出的结构里只要二者没有形成化学键就算形成了复合物。是否成键可以根据下文判 ...

好的,非常感谢卢老师!

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发表于 Post on 2025-8-25 21:38:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-19 15:26
放在一起做几何优化便知,优化出的结构里只要二者没有形成化学键就算形成了复合物。是否成键可以根据下文判 ...

sob老师您好,我不是专门学化学的,基础不是特别好,因为确定产物结构对于我的研究十分重要,在此有一个问题困扰了很久,想请教一下sob老师。
如果我事先拿到一个反应A+B,我不知道会生成什么产物,但是我推测可能会生成C+D,随后通过找过渡态,跑了IRC后,那么对IRC产物端进行优化得到的是产物复合物,通过您的博文http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html,判断出这个产物复合物C和D之间是成键的(即C-D),那么当前的这个产物复合物就是最终的产物吗(即A+B生成的是C-D,C和D是成键连在一起的)?还是说当前结构只是表明C、D之间存在相互作用,最终的产物是C和D的单体呢?先谢谢sob老师了。

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发表于 Post on 2025-8-26 05:56:20 | 只看该作者 Only view this author
NHX 发表于 2025-8-25 21:38
sob老师您好,我不是专门学化学的,基础不是特别好,因为确定产物结构对于我的研究十分重要,在此有一个 ...

可能只是中间体,没准最后还可以进一步解离成C和D,这需要计算解离势垒判断是否容易解离
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发表于 Post on 2025-8-26 07:13:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-26 05:56
可能只是中间体,没准最后还可以进一步解离成C和D,这需要计算解离势垒判断是否容易解离

好的,感谢sob老师

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