请问gromacs能否直接计算溶质在不同溶剂下的溶解度？

xiaos · 发表于 Post on 2019-12-24 14:42:34

请问gromacs能否直接计算溶质在不同溶剂下的溶解度？是否可以计算溶质的溶剂化自由能进行评估，或是利用其他方法评估溶解度？请各位老师指点一番，非常感谢。

naoki · 发表于 Post on 2019-12-24 19:44:20

据我所知MD计算溶解度就是跑n次动力学，每次逐渐提升溶质的量，看啥时候不能均匀分散了就到溶解度了。。。

xiaos · 发表于 Post on 2019-12-24 20:06:03

naoki 发表于 2019-12-24 19:44
据我所知MD计算溶解度就是跑n次动力学，每次逐渐提升溶质的量，看啥时候不能均匀分散了就到溶解度了。。。{ ...

这好像不可以吧

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-12-24 21:32:30

可以算溶解自由能不过有很多地方可能出问题算出来也不一定准

naoki · 发表于 Post on 2019-12-24 21:53:04

xiaos 发表于 2019-12-24 20:06
这好像不可以吧

可以的吧。。坐等大神解答

xiaos · 发表于 Post on 2019-12-25 07:56:11

wuzhiyi 发表于 2019-12-24 21:32
可以算溶解自由能不过有很多地方可能出问题算出来也不一定准

好的谢谢您的解答

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-25 11:38:46

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的不恰当标题“gromacs评估溶质的溶解度”改了，以后务必注意

xiaos · 发表于 Post on 2019-12-25 14:00:55

sobereva 发表于 2019-12-25 11:38
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素（仔 ...

非常抱歉，下次一定注意。利用gromacs评估溶解度，sob老师能提供一些可行的方法么？

bobosiji · 发表于 Post on 2019-12-26 11:17:25

xiaos 发表于 2019-12-25 14:00
非常抱歉，下次一定注意。利用gromacs评估溶解度，sob老师能提供一些可行的方法么？

跑MD算solvation free energy是没问题的，目前的力场算一般的小分子还是挺准的。在此基础上，进一步算溶解度需要考虑晶格能（或者汽化热？），这个跑MD应该也能算。如果是比较同一个溶质在不同溶剂的溶解度的话，汽化热都是一样的，可以消去。

bobosiji · 发表于 Post on 2019-12-26 11:19:00

xiaos 发表于 2019-12-25 14:00
非常抱歉，下次一定注意。利用gromacs评估溶解度，sob老师能提供一些可行的方法么？

用QM算solvation free energy也行，算小分子可能还更准，推荐用美国明尼苏达大学开发的溶剂模型SMD？
用QM算晶格化能也应该可以。

xiaos · 发表于 Post on 2019-12-26 13:56:22

bobosiji 发表于 2019-12-26 11:19
用QM算solvation free energy也行，算小分子可能还更准，推荐用美国明尼苏达大学开发的溶剂模型SMD？
用 ...

好的非常感谢您的解答

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-3 12:10:43

xiaos 发表于 2019-12-25 14:00
非常抱歉，下次一定注意。利用gromacs评估溶解度，sob老师能提供一些可行的方法么？

论坛首页google框搜索溶解度，之前有过讨论

这个也可以看看
THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 146, 214110 (2017)

xiaos · 发表于 Post on 2020-1-6 08:00:09

sobereva 发表于 2020-1-3 12:10
论坛首页google框搜索溶解度，之前有过讨论

这个也可以看看

谢谢sob老师

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[GROMACS] 请问gromacs能否直接计算溶质在不同溶剂下的溶解度？