能量分解存在一些疑惑

Peter_zhong · 发表于 Post on 2020-1-2 17:00:26

最近读了sob老师两篇能量分解的文章：《使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算》（http://sobereva.com/526）《使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析》（http://sobereva.com/442）
首先、如下图左，SAPT能量分解一文中：“3.2 例2：尿素晶体中的相邻尿素间的相互作用。此例我们想获得中间那个尿素与它上方那个尿素之间的相互作用能和各种能量成份。”
其次，如下图右，基于分子力场的能量分解一文中：“3.2 circumcoronene与鸟嘌呤-胞嘧啶的三聚体。本节我们就对这个体系基于AMBER力场做一下能量分解分析。”

存在以下疑惑：1、SAPT能量分解一文中，只研究左图的其中一对相邻尿素分子间的相互作用。要是研究左图尿素这整个体系，是不是单独把每一对相邻尿素分子挨个算一遍？
2、基于分子力场的能量分解可以定义N个片段，算右图这个体系（三个分子），每个分子定义成一个片段，共定义三个片段就完事。而SAPT能量分解一文中用的都是两个片段，如果算右图这个体系，是不是先划分两个片段 Frag1 -- Frag2；Frag1 -- Frag3；Frag2 -- Frag3，这三个挨个算一遍？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-2 18:34:23

1 是
2 是。对于一般意义的SAPT，考察哪两个的作用，就把哪两个结构拿出来当做一个二聚体做SAPT。

Peter_zhong · 发表于 Post on 2020-1-2 19:19:18

sobereva 发表于 2020-1-2 18:34
1 是
2 是。对于一般意义的SAPT，考察哪两个的作用，就把哪两个结构拿出来当做一个二聚体做SAPT。

谢谢老师

captain · 发表于 Post on 2020-1-2 20:18:34

本帖最后由 captain 于 2020-1-2 20:21 编辑

sobereva 发表于 2020-1-2 18:34
1 是
2 是。对于一般意义的SAPT，考察哪两个的作用，就把哪两个结构拿出来当做一个二聚体做SAPT。

有感于楼主的问题，我也想请问大神
比如一个A-B-C三聚体体系，计算A-C之间的作用，直接把A-C提取出来当作二聚体进行SAPT计算，
假如A-B或B-C之间有较强的电子转移，这样忽略B的影响，算出来的A-C之间的作用准确吗？

hzfish · 发表于 Post on 2020-1-3 10:02:09

本帖最后由 hzfish 于 2020-1-3 10:08 编辑

captain 发表于 2020-1-2 20:18
有感于楼主的问题，我也想请问大神
比如一个A-B-C三聚体体系，计算A-C之间的作用，直接把A-C提取出来当 ...

可能会有明显的多体效应。
下面是GKS-EDA的计算结果，可以参考。

captain · 发表于 Post on 2020-1-3 10:21:08

本帖最后由 captain 于 2020-1-3 10:24 编辑

hzfish 发表于 2020-1-3 10:02
可能会有明显的多体效应。
下面是GKS-EDA的计算结果，可以参考。

十分感谢！
请问这篇文献出自哪里？能否给个链接？

hzfish · 发表于 Post on 2020-1-3 10:39:12

captain 发表于 2020-1-3 10:21
十分感谢！
请问这篇文献出自哪里？能否给个链接？

The Journal of Chemical Physics 131, 014102 (2009); doi: 10.1063/1.3159673

captain · 发表于 Post on 2020-1-3 10:41:42

hzfish 发表于 2020-1-3 10:39
The Journal of Chemical Physics 131, 014102 (2009); doi: 10.1063/1.3159673

Peter_zhong · 发表于 Post on 2020-1-3 11:41:11

hzfish 发表于 2020-1-3 10:02
可能会有明显的多体效应。
下面是GKS-EDA的计算结果，可以参考。

老师我有点疑惑，1.这个多体效应数值是可以接受（忽略的）的范围吗，还是算大？ 2.还有做GKS-EDA计算一般用什么分析软件？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-3 11:46:08

Peter_zhong 发表于 2020-1-3 11:41
老师我有点疑惑，1.这个多体效应数值是可以接受（忽略的）的范围吗，还是算大？ 2.还有做GKS-EDA计算一 ...

1 拿多体项贡献值除以总相互作用能，看百分比判断。
更多讨论见DOI: 10.1021/cr500344e
通常通过体系结构就能判断多体效应的显著程度、用pairwise方式讨论是否定性合理。诸如倆单体旁边放一个阳离子，由于这必定会导致显著的极化、电荷转移，显然计算实际体系中两个单体间相互作用就不能忽略掉离子对二者电子结构的显著影响。

2 GKS-EDA作者自己的修改版GAMESS-US。只能找作者要。GAMESS-US做能量分解比用PSI4做SAPT麻烦得多得多

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-1-4 05:18:57

想问一下老师，研究三聚体下，两个分子之间的相互作用，fispat这方法如何？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-5 10:53:44

wuzhiyi 发表于 2020-1-4 05:18
想问一下老师，研究三聚体下，两个分子之间的相互作用，fispat这方法如何？

原理上应该可以用，但我目前还没充分测试过，所以暂时保留意见

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