请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 586|回复: 8

[配置讨论] ORCA耦合簇计算硬盘影响求助

[复制链接]

21

帖子

0

威望

290

eV
积分
311

Level 3 能力者

发表于 2020-1-4 23:21:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 naonao5205 于 2020-1-4 23:24 编辑

各位老师你们好,最近在ORCA用CCSD(T)算小分子单点能时候发现一个问题:使用1/3物理核心(8)和全部物理核心(24)进行计算,耗时并没有明显的变化(总内存分配一致)。在DFT时候其耗时基本随用的核正相关。(均使用ORCA绝对路径)
检查发现其在不断地对硬盘进行读取(~60mb/s)和写入(~10mb/s)。请问这是否表明硬盘限制了cpu进行计算?以及在进行耦合簇计算时,服务器响应非常迟缓,请问这是因为硬盘占用过高的原因吗?是否应该增添一块硬盘,使orca计算不和系统在一个盘上呢?

674

帖子

0

威望

2844

eV
积分
3518

Level 5 (御坂)

发表于 2020-1-4 23:49:54 | 显示全部楼层
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-1-4 23:53 编辑

你这很典型···想快的话,买块好的SSD,把ORCA程序、计算文件、临时文件都放在SSD上。硬盘的读取速度限制了你用很多核是没啥用的,差不多就4个核有用。
再有钱的话,内存大一点。

另外,你说的是DLPNO-CCSD(T)吧,对于一个有低标度CCSD(T)的程序来说,传统CCSD(T)没啥用处···
欢迎关注“量子化学”公众号,也欢迎投稿。

240

帖子

0

威望

775

eV
积分
1015

Level 4 (黑子)

发表于 2020-1-5 10:05:53 | 显示全部楼层
zjxitcc 发表于 2020-1-4 23:49
你这很典型···想快的话,买块好的SSD,把ORCA程序、计算文件、临时文件都放在SSD上。硬盘的读取速度限制 ...

毕竟CCSD(T)精度还能高一点,显式相关的方法还能RI加速

663

帖子

5

威望

2999

eV
积分
3762

Level 5 (御坂)

发表于 2020-1-5 10:30:21 | 显示全部楼层
用ORCA跑DLPNO-CCSD(T) 还是蛮吃硬盘速度的,我服务器一个节点是组成raid的,速度在300M/s;而另一个节点是通过千兆交换机挂到raid上,速度限制在100M/s,两者跑同样的任务,时间耗费相差5倍
Stand on the shoulders of giants

8

帖子

0

威望

34

eV
积分
42

Level 2 能力者

发表于 2020-1-5 12:45:48 | 显示全部楼层
最好的办法是组磁盘阵列RAID, 买几个大的硬盘(固态最好了),做RAID10, 数据读写速度、数据安全都会得到质的改善

155

帖子

0

威望

1436

eV
积分
1591

Level 5 (御坂)

发表于 2020-1-5 13:23:59 | 显示全部楼层
三星nvme ssd 做raid0,性价比最高的选择

55

帖子

0

威望

253

eV
积分
308

Level 3 能力者

发表于 2020-1-5 15:28:05 | 显示全部楼层
读取数据量太大的话,还是弄块MLC的SSD,才能折腾,比如SM961之类的

232

帖子

0

威望

1241

eV
积分
1473

Level 4 (黑子)

发表于 2020-1-5 20:56:52 | 显示全部楼层
RAID0  最佳解。

按照预算情况, 可以选择, 顶级SSD, 普通SSD, 或者HDD。 其实HDD也能做到300MB/s或者更高的读写。

通过硬件实现的RAID0或者Linux内核支持的soft raid,对于小规模的读写,没有明显的差异。
提供面向计算化学的平台搭建和使用相关的咨询和支持,
wechat联系 abbottcn
Configure, build, and customize the Linux cluster for your computational project.

64

帖子

1

威望

224

eV
积分
308

Level 3 能力者

发表于 2020-1-31 16:01:37 | 显示全部楼层
ghifi37 发表于 2020-1-5 15:28
读取数据量太大的话,还是弄块MLC的SSD,才能折腾,比如SM961之类的

SM961这种后期MLC寿命并没有多长,而且现在卖的许多961都是来路不明的黑车,还是不建议买
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2020-4-4 23:06 , Processed in 0.137363 second(s), 23 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表