Gromacs程序自带的energy命令怎么用脚本调用？

天波稀客

我之前用的Gromacs程序使用脚本调用energy命令从未出现问题，但是自从换了version 2016.4之后，再通过脚本调用energy命令总是会出错，提示我No energy terms selected。如果我把同样的命令通过shell交互界面手动分步操作则没有任何问题，但是直接键入形如“echo -e "4 13\n \n \n" | gmx_mpi energy -f TBs_400_npt”的命令则一定会出错（命令行之所以出现三次\n是因为手动也必须回车三次，另外我试过在命令行增或减\n也起不到任何作用），然而通过使用形如“(sleep 2;echo "4 13";echo "\n")| gmx_mpi energy -f TBs_400_npt”的命令，在shell交互界面直接键入又一定会进行正常的energy分析。令人无比苦恼的事，把这个命令放在脚本中再运行脚本却仍有较大几率出错。三种操作的具体情况可见上传的三张图片，请了解这个问题的高手帮忙指点，谢谢！

sobereva

诸如
echo -e "2\n3\n\n"|gmx energy -f eq.edr
代表提取2号和3号。用于较新版本gmx没有任何问题

1. [root@192 other]# echo -e "2\n3\n\n"|gmx energy -f eq.edr
   
2.                       :-) GROMACS - gmx energy, 2018.4 (-:
   
3. 
   
4.                             GROMACS is written by:
   
5.      Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen
   
6.     Par Bjelkmar    Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra  
   
7.   Gerrit Groenhof    Aleksei Iupinov   Christoph Junghans   Anca Hamuraru   
   
8. Vincent Hindriksen Dimitrios Karkoulis    Peter Kasson        Jiri Kraus   
   
9.   Carsten Kutzner      Per Larsson      Justin A. Lemkul    Viveca Lindahl  
   
10.   Magnus Lundborg   Pieter Meulenhoff    Erik Marklund      Teemu Murtola   
    
11.     Szilard Pall       Sander Pronk      Roland Schulz     Alexey Shvetsov  
    
12.    Michael Shirts     Alfons Sijbers     Peter Tieleman    Teemu Virolainen
    
13. Christian Wennberg    Maarten Wolf   
    
14.                            and the project leaders:
    
15.         Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel
    
16. 
    
17. Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
    
18. Copyright (c) 2001-2017, The GROMACS development team at
    
19. Uppsala University, Stockholm University and
    
20. the Royal Institute of Technology, Sweden.
    
21. check out http://www.gromacs.org for more information.
    
22. 
    
23. GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
    
24. under the terms of the GNU Lesser General Public License
    
25. as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
    
26. of the License, or (at your option) any later version.
    
27. 
    
28. GROMACS:      gmx energy, version 2018.4
    
29. Executable:   /sob/gmx2018.4/bin/gmx
    
30. Data prefix:  /sob/gmx2018.4
    
31. Working dir:  /sob/other
    
32. Command line:
    
33.   gmx energy -f eq.edr
    
34. 
    
35. Opened eq.edr as single precision energy file
    
36. 
    
37. Select the terms you want from the following list by
    
38. selecting either (part of) the name or the number or a combination.
    
39. End your selection with an empty line or a zero.
    
40. -------------------------------------------------------------------
    
41.   1  Bond             2  Angle            3  Ryckaert-Bell.   4  LJ-14         
    
42.   5  Coulomb-14       6  LJ-(SR)          7  Disper.-corr.    8  Coulomb-(SR)  
    
43.   9  Coul.-recip.    10  Potential       11  Kinetic-En.     12  Total-Energy  
    
44. 13  Temperature     14  Pres.-DC        15  Pressure        16  Constr.-rmsd  
    
45. 17  Box-X           18  Box-Y           19  Box-Z           20  Volume        
    
46. 21  Density         22  pV              23  Enthalpy        24  Vir-XX        
    
47. 25  Vir-XY          26  Vir-XZ          27  Vir-YX          28  Vir-YY        
    
48. 29  Vir-YZ          30  Vir-ZX          31  Vir-ZY          32  Vir-ZZ        
    
49. 33  Pres-XX         34  Pres-XY         35  Pres-XZ         36  Pres-YX      
    
50. 37  Pres-YY         38  Pres-YZ         39  Pres-ZX         40  Pres-ZY      
    
51. 41  Pres-ZZ         42  #Surf*SurfTen   43  T-System        44  Lamb-System   
    
52. 
    
53. Last energy frame read 100 time  100.000         
    
54. 
    
55. Statistics over 50001 steps [ 0.0000 through 100.0000 ps ], 2 data sets
    
56. All statistics are over 501 points
    
57. 
    
58. Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift
    
59. -------------------------------------------------------------------------------
    
60. Angle                       5634.84       1100    2337.23    6378.75  (kJ/mol)
    
61. Ryckaert-Bell.              3176.59        140    345.977    739.739  (kJ/mol)
    
62. 
    
63. GROMACS reminds you: "How will I know it's working right?" (MGMT)
    

复制代码

也可以运行echo 2 3 0|gmx energy -f eq.edr，效果一样。0代表已经输入完了。

天波稀客

sobereva 发表于 2020-1-5 00:32
诸如
echo -e "2\n3\n\n"|gmx energy -f eq.edr
代表提取2号和3号。用于较新版本gmx没有任何问题

非常感谢sob老师的耐心回复，让我学到了“0”的重要性，但是我想是我用的Gromacs版本的问题，目前解决的办法仍然需要通过sleep命令延缓响应时间来获得energy分析结果，我在尝试sleep更长时间以期能完全解决问题。

liuyuje714

你是否尝试用过<<EOF的方式。比如脚本中写:
gmx energy -f md.edr << EOF
4
13
EOF

tjuptz

我觉得不同版本的命令运行确实存在差异，gmx的小bug？？附上官网的做法：http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Using_Commands_in_Scripts
注：链接已失效，官方撤了

天波稀客

liuyuje714 发表于 2020-1-5 10:55
你是否尝试用过

感谢回复，我刚刚尝试了一下<<EOF命令，结果与其他命令一样也会报错，我现在放弃尝试通过改变命令行解决这个问题了，这应该是Gromacs版本的问题

天波稀客

tjuptz 发表于 2020-1-5 16:25
我觉得不同版本的命令运行确实存在差异，gmx的小bug？？附上官网的做法：http://www.gromacs.org/Documenta ...

嗯嗯是的，谢谢回复

lao7

啥时候Gromacs能开发类似于Gview一样的软件就好了，可以一步步制作、添加，最终利用gromacs生成想要的结果。

zxmxyh

version 2016.4，为什么不用更新的版本呢？

sobereva

lao7 发表于 2020-1-5 23:07
啥时候Gromacs能开发类似于Gview一样的软件就好了，可以一步步制作、添加，最终利用gromacs生成想要的结果 ...

有人也给gmx弄了图形界面，比如SAMSON
但在我来看意义不大，因为不方便批处理，也不够灵活，而且命令行执行的时候有很多中间输出信息很重要，弄成图形界面可能会令很多人忽视掉
gmx用户只要手持模板，用起来也一点不费劲

22060351

sobereva 发表于 2020-1-5 00:32
诸如
echo -e "2\n3\n\n"|gmx energy -f eq.edr
代表提取2号和3号。用于较新版本gmx没有任何问题

感谢sob老师，已解决