求助 NAMD如何模拟带电荷的氨基酸

xcandy · 发表于 Post on 2020-1-10 17:10:56

求助，我所用的蛋白质中有赖氨酸，在charm36的拓扑文件中名称为LYS，是带一个正电荷。
我用VMD psfgen 生成的pdb中该氨基酸的名称就是LYS，但是不带电荷。
请问老师们我想模拟带电荷的氨基酸，应该怎么办呢？用NAMD 的Constant-pH Simulations相关语句吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-1-10 20:17:51

charmm-gui生成pdb时有质子化相关选项

xcandy · 发表于 Post on 2020-1-10 22:52:55

fhh2626 发表于 2020-1-10 20:17
charmm-gui生成pdb时有质子化相关选项

搞定了，谢谢老师

啊哈哈哈 · 发表于 Post on 2022-6-21 15:10:03

本帖最后由啊哈哈哈于 2022-6-21 20:09 编辑

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[NAMD] 求助 NAMD如何模拟带电荷的氨基酸