使用Multiwfn和ChimeraX绘制自定义着色的电子定域化函数(ELF)等值面图

sobereva

使用Multiwfn和ChimeraX绘制自定义着色的电子定域化函数(ELF)等值面图
https://www.bilibili.com/video/av85684420（https://youtu.be/vC48iEB8PwI）

本视频演示如何将Multiwfn与ChimeraX可视化程序相结合，绘制效果非常好的电子定域化函数（ELF）的等值面图，如下所示。图中对不同位置的等值面使用不同的颜色来清晰地区分开不同的电子结构特征区域。
注：常用的VMD程序虽然绘制等值面效果也非常好，但不能像ChimeraX一样自定义不同位置的等值面的着色。

之前写过一篇相关博文《在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面》（http://sobereva.com/168），用的是ChimeraX的前身Chimera，效果明显不如此视频里的ChimeraX。

本视频里用的ChimeraX版本可以在网盘里下载：链接：https://pan.baidu.com/s/1RwkQ3k5ibsgIm2FxdRhb6A  提取码：335f

comboy2008

这个软件实在是太难下了，即使**上网，youtube都飞快的，可以ChimeraX-0.91.exe只有几K，然后停止，有不能断点续传。社长能不能共享一下你的安装文件？

sobereva

comboy2008 发表于 2020-2-8 23:10
这个软件实在是太难下了，即使**上网，youtube都飞快的，可以ChimeraX-0.91.exe只有几K，然后停止，有不 ...

已经加到帖子末尾了

comboy2008

sobereva 发表于 2020-2-9 06:40
已经加到帖子末尾了

非常感谢社长！！！！！

yjmaxpayne

ChimeraX是个新宝藏啊

exity

真宝藏男孩！！！！

alonewolfyang

请教老师，使用这个电子定域化函数(ELF)等值面图如何讨论弱相互作用体系？

sobereva

alonewolfyang 发表于 2020-9-9 10:47
请教老师，使用这个电子定域化函数(ELF)等值面图如何讨论弱相互作用体系？

ELF对于讨论弱相互作用用处不大，也就少数方法基于ELF讨论，比如
使用Multiwfn计算CVB指数考察氢键强度
http://sobereva.com/461（http://bbs.keinsci.com/thread-12097-1-1.html）

alonewolfyang

sobereva 发表于 2020-9-9 11:03
ELF对于讨论弱相互作用用处不大，也就少数方法基于ELF讨论，比如
使用Multiwfn计算CVB指数考察氢键强度
...

好的，谢谢老师，我去学习一下

maximos

Dear Professor,
Recently, i read an article used Multiwfn and Chimera to represent ELF localisation domains and the attractors in the same image (see attached image), but i don't know how he did it ? Could you help get the same visualization ?

sobereva

maximos 发表于 2023-4-14 05:34
Dear Professor,
Recently, i read an article used Multiwfn and Chimera to represent ELF localisation ...

You can use main function 5 of Multiwfn to generate cube file of ELF, see Section 4.5 of Multiwfn manual for examples. After exporting the ELF cube file, you can use ChimeraX to visualize the ELF isosurfaces. This point has already been mentioned in Multiwfn manual:



To plot small spheres to indicate the position of ELF attractors, you can use either main function 2 (topology analysis module) or main function 17 (basin analysis module) to locate maxima of ELF, and then export them as .pdb file, which can then be plotted by ChimeraX. See Section 4.2 and Section 4.17 of Multiwfn manual for examples of using the two modules, respectively.