Gaussian计算环状分子的张力，开环结构优化的结果感觉很奇怪

wangzhe · 发表于 Post on 2020-2-7 16:36:54

本帖最后由 wangzhe 于 2020-4-19 00:02 编辑

想计算环状分子的张力，将原来的环状分子去掉了一部分之后，进行了opt计算。
用rm06-2x/cc-pvdz优化后的计算结果如下图所示，红圈处的三键明显非常弯曲，而且这个三键的键角和环状分子的键角非常接近。个人感觉180应该更稳定一些，为什么结果给出了这种结构很是不解。想请教一下这种情况应该怎么解决？谢谢。
输入文件如下：
%NProcShared=6
#n rm062x/cc-pvdz opt

proton optimization

0 1
C       -0.625000       0.000000       0.000000
C       2.475000       -1.599000       -4.011000
C       -0.139000       5.040000       -1.377000
C       -1.824000       3.342000       -1.079000
C       0.475000       2.687000       -1.414000
C       0.843000       4.041000       -1.483000
C       -1.467000       4.684000       -1.182000
H       -2.863000       3.075000       -0.883000
H       0.146000       -1.711000       1.848000
H       -0.819000       -2.516000       0.569000
C       0.699000       1.215000       1.493000
H       0.383000       0.696000       2.411000
H       0.046000       2.088000       1.330000

elvisng · 发表于 Post on 2020-2-7 22:36:49

1. 換個方法算, 看看結果是否一樣
2. 查一下文獻找類似的結構, 看看別人是不是180度, 用的方法又是什麼
3. 調整初始結構, 調成180度再 opt 一次
3. 基組選擇請參考: http://sobereva.com/336

wangzhe · 发表于 Post on 2020-2-7 23:29:40

elvisng 发表于 2020-2-7 22:36
1. 換個方法算, 看看結果是否一樣
2. 查一下文獻找類似的結構, 看看別人是不是180度, 用的方法又是什麼
3 ...

好的，我再计算试一下，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-8 05:15:27

cc-pVDZ严重不适合给普通泛函用

改成B3LYP-D3(BJ)/6-311G*优化，并且用opt=tight避免因为收敛限太宽导致没优化成直线

wangzhe · 发表于 Post on 2020-2-8 07:57:49

sobereva 发表于 2020-2-8 05:15
cc-pVDZ严重不适合给普通泛函用

改成B3LYP-D3(BJ)/6-311G*优化，并且用opt=tight避免因为收敛限太宽导致 ...

好的，学习到了，多谢老师，感谢

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-2-9 03:00:33

这个结构的稳定构象或许应该把二面角17-18-28-31翻转180度

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[Gaussian/gview] Gaussian计算环状分子的张力，开环结构优化的结果感觉很奇怪