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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 15:09:04 | 只看该作者 Only view this author
caoyx0612 发表于 2025-4-23 13:52
在重复《第四步:用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能》时:[ ...

由gau.out可见Gaussian完全没开始计算,8成是运行环境或者Default.Rou配置有问题
先确保能手动用Gaussian成功运行gau.gjf,再说molclus调用的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-4-24 08:44:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-23 15:09
由gau.out可见Gaussian完全没开始计算,8成是运行环境或者Default.Rou配置有问题
先确保能手动用Gaussia ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2025-4-24 09:22:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-23 15:09
由gau.out可见Gaussian完全没开始计算,8成是运行环境或者Default.Rou配置有问题
先确保能手动用Gaussia ...

卢老师,根据您的建议,我在配置G16时完全按照《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》来安装:
安装版本为G16-A03-AVX2.tbz
cpu配置如下:

flags显示是支持avx2的
在手动运行时显示如下错误。
Error: illegal instruction, illegal opcode
   rax 00000000014bd760, rbx 00007ffe0437bfb0, rcx 00007ffe0437bfb0
   rdx 00007ffe0437bf80, rsp 00007ffe0437bed8, rbp 00007ffe0437bee0
   rsi 00007ffe0437bf88, rdi 00007ffe0437bf18, r8  0000000000000080
   r9  00000000014a3d00, r10 0000000000000032, r11 0000000000000035
   r12 0000000002cf5ad0, r13 0000144f18f47250, r14 0000144f18f10778
   r15 0000144f18f05b98
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x42520) [0x145e0dc0d520]
  /root/autodl-tmp/g16/l101.exe() [0x14bd80a]
Aborted (core dumped)





gau.gjf

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gau.out

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-24 18:28:31 | 只看该作者 Only view this author
caoyx0612 发表于 2025-4-24 09:22
卢老师,根据您的建议,我在配置G16时完全按照《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》来安装:
安装 ...

和文中说的“运行时提示Error: illegal instruction , illegal opcode”情况一样处理
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发表于 Post on 2025-8-18 15:41:46 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我用该方法对一个66原子的分子进行构象搜索时,遇到了两个问题
1.用Molclus调用xtb在GFN2-xTB结合溶剂模型下做批量优化这一步,由于GBSA模型中包含的溶剂种类有限,我实验所使用的溶剂不在其中,请问我这一步不加GBSA溶剂模型可以吗?也正是因为我在计算时尝试不加GBSA溶剂模型,所以这一步保留相对能量<=8kcal/mol的结构,不知道这样能否减轻不带溶剂模型带来的误差影响
2.我在用gaussian进行优化和振动分析任务前,保留了能量最低的114个结构,但是在计算到第85个时出现了震荡,该任务运行到步数上限就停止了,并且也没有继续算剩余的结构。请问有没有办法在进行多个优化和振动分析任务时,尽管中间对某一个结构的任务因为SCF不收敛而停止,但是仍然会继续算下一个,能够最后统一处理没能收敛的结构呢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-19 07:29:48 | 只看该作者 Only view this author
谢却人间事 发表于 2025-8-18 15:41
各位老师好,我用该方法对一个66原子的分子进行构象搜索时,遇到了两个问题
1.用Molclus调用xtb在GFN2-xTB ...

1 找一个介电常数与你实际用的溶剂接近的,也比完全不考虑溶剂效应强

2 Molclus调用量子化学程序批量计算的过程中本来就不会因为某个任务失败而导致整个molclus任务停止。如果就是molclus调用的还这样,把molclus输出的末尾信息截图说明
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发表于 Post on 2025-8-19 10:07:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-19 07:29
1 找一个介电常数与你实际用的溶剂接近的,也比完全不考虑溶剂效应强

2 Molclus调用量子化学程序批量 ...

明白了,谢谢卢老师,我会加上介电常数接近的溶剂进行计算的。
由于我的molclus调用界面没能截图保存就被关掉了,之后遇到问题一定会及时截图保存,只能从gaussian进行优化和振动分析任务后的out文件中的
Optimization stopped.
    -- Number of steps exceeded,  NStep=  373
    -- Flag reset to prevent archiving.
和Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in d:\study\G09W\l9999.exe at Wed Aug 06 18:33:37 2025.
判断是几何收敛失败,guassview里看出震荡。因为之前遇到震荡我都及时手动停止了任务,还没有让程序一直算超然后自动停止的经历。因为我在输出文件里没有设置步数上限,我觉得这个默认的373这个上限有点太高了,所以想再请教一下您,我能否在输入文件里这样写:opt=(calcfc,maxcyc=N)或者opt=(recalc=n,maxcyc=N)在使用更好的Hessian矩阵的同时限制一下步数上限。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-20 01:09:33 | 只看该作者 Only view this author
谢却人间事 发表于 2025-8-19 10:07
明白了,谢谢卢老师,我会加上介电常数接近的溶剂进行计算的。
由于我的molclus调用界面没能截图保存就 ...

应该给gjf里设置优化步数上限,比如80-120,要不然震荡不收敛的话会一直傻算着白浪费时间。并且注意下面贴子里说的template2.gjf的用法,可以用于当template.gjf由于震荡导致难收敛、达到预设的步数上限时,切换到帮助收敛的关键词上
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

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发表于 Post on 2025-8-20 09:48:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-20 01:09
应该给gjf里设置优化步数上限,比如80-120,要不然震荡不收敛的话会一直傻算着白浪费时间。并且注意下面 ...

明白了,谢谢卢老师!

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发表于 Post on 2025-9-21 17:46:56 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我用这套方法对几个有机小分子进行构象搜索,按照同样的xtb做动力学模拟的方法,得到2000帧的轨迹。然后用crest对结构进行批量优化,结果得到非常少的构象,都是只有1到2个,因此有以下问题请教:
1、用crest程序批量优化时,使用了两次crest,分别使用的参数如下,请问是否需要做两次优化?
crest -mdopt *.xyz -chrg 0 -uhf 0 -gfn 0 -opt normal |tee info_crest1.txt
isostat crest_ensemble.xyz -Edis 0.5 -Gdis 0.5 > ./summary_crest1.txt

crest -mdopt cluster1_*.xyz -chrg 0 -uhf 0 -gfn 2 -g methanol -opt normal -niceprint |tee info_crest2.txt
isostat crest_ensemble.xyz -Edis 0.5 -Gdis 0.5 > ./summary_crest2.txt

2、得到的1个或2个构象是否能在gaussian上继续做优化和振动能分析,单点能以及ECD/NMR的计算?
3、用仅有的2个构象计算得到的Boltzmann分布比例是否合理?(尝试计算过,通常都是1个占比99%)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-21 21:46:49 | 只看该作者 Only view this author
Henge 发表于 2025-9-21 17:46
各位老师好,我用这套方法对几个有机小分子进行构象搜索,按照同样的xtb做动力学模拟的方法,得到2000帧的 ...

从原理上弄清楚为什么只得到了1、2个构象,通过结构特征判断,是本来构象空间就非常小,因此不同初猜结构都会收敛到同一个结构,还是其它什么原因
也可以直接用molclus调用xtb做批量优化进行检验
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发表于 Post on 2025-9-22 12:00:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-21 21:46
从原理上弄清楚为什么只得到了1、2个构象,通过结构特征判断,是本来构象空间就非常小,因此不同初猜结构 ...

谢谢卢老师。我重新对另一个分子分别做了crest和molclus调用xtb的批量优化,同样是两次优化,第一次用GFN0-xTB,第二次用GFN2-xTB结合溶剂模型。crest分别给出了17个(第一次)和4个(第二次)构象的优化结果,molclus分别给出了15个和5个。
1、从结果看是不是可以判断这个分子的构象空间就属于非常小的一类?
2、回看分子结构,相较于您例子中的瑞德西韦,我的体系相对刚性,是不是可以认为在GFN0-xTB下的优化已经足够了,接下来再用gaussian等程序进一步做几何优化等计算?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-22 23:35:53 | 只看该作者 Only view this author
Henge 发表于 2025-9-22 12:00
谢谢卢老师。我重新对另一个分子分别做了crest和molclus调用xtb的批量优化,同样是两次优化,第一次用GFN ...


1 GFN0-xTB相当很糙,非要在GFN2-xTB前加个“初筛的初筛”的话,我更建议用GFN-FF
2 否。GFN2-xTB优化的比GFN0-xTB优化的可能有显著改进、是明显更好的DFT优化任务的初猜
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发表于 Post on 2025-9-24 16:09:18 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在第四步对一个190原子的体系做优化+震动分析时,在B3LYP/6-31G*级别下计算耗时实在是过长,平均一个构象要优化+震动分析要做一天半到两天半,还没有考虑算高精单点能的时间。
虽然B3LYP/6-31G*已经确实是非常低的计算级别了,无奈体系较大。请问降低计算级别的话,降低到什么程度比较合适?
好好学习,天天向上

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-24 22:19:26 | 只看该作者 Only view this author
Keys 发表于 2025-9-24 16:09
老师好,我在第四步对一个190原子的体系做优化+震动分析时,在B3LYP/6-31G*级别下计算耗时实在是过长,平均 ...

怎么办取决于你的计算资源,没法给出唯一的答案
如果机子很差,比如就一个普通的个人电脑,这么大体系的opt freq只能用半经验级别的方法,文章能不能发得出去看运气
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