如何修改DPPC磷脂的itp文件？

961106 · 发表于 Post on 2020-2-14 11:02:50

请问老师，下载了已经平衡好的DPPC分子的结构文件和itp文件，但是现在想对DPPC的一个或者两个基团进行修改，我看itp文件里还有对电荷等参数的设置，请问itp文件如何修改呢？有没有工具可以自生成呢？谢谢l老师。

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-14 11:25:01

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的不恰当标题“提问脂质的itp文件”改了，以后注意。

问题很不确切，先说清楚原先的itp哪来的。
不同磷脂力场获得参数的思想和方式都不一样，仔细看原文弄清楚原作者怎么搞的，瞎搞的话会导致和其它部分参数不兼容，结果巨烂。

961106 · 发表于 Post on 2020-2-14 20:18:37

sobereva 发表于 2020-2-14 11:25
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出具体内容（仔细看http://bbs ...

谢谢老师，我以后一定注意
老师我是用charmm-gui搭建好了一个磷脂双分子层结构,提取了一个DPPC分子，itp文件也说charmm-gui生成的

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-16 09:51:57

我不爱用CHARMM系的东西
你可以找CHARMM力场用于磷脂的原文看参数怎么确定的，用相同的方式自行进行扩展

961106 · 发表于 Post on 2020-2-17 16:11:43

sobereva 发表于 2020-2-16 09:51
我不爱用CHARMM系的东西
你可以找CHARMM力场用于磷脂的原文看参数怎么确定的，用相同的方式自行进行扩展

谢谢老师

chelleliliu · 发表于 Post on 2023-4-26 16:59:04

961106 发表于 2020-2-14 20:18
谢谢老师，我以后一定注意
老师我是用charmm-gui搭建好了一个磷脂双分子层结构,提取了一个DPPC分子，itp ...

你好我想问一下你的itp文件是执行到step6产生的吗？我制膜过程中先制好脂质膜，未添加离子和水，下载了膜的文件，但是下载包里好像没有itp文件

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[GROMACS] 如何修改DPPC磷脂的itp文件？