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[GROMACS] gromacs中如何对膜施加压力?

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如图示,文献中采用gromacs,对体系中的两层膜施加了不同压力,研究压力作用下水分子渗透和离子过滤。请问这个压力的施加应该用哪个模块实现?求解,谢谢!

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发表于 Post on 2020-2-18 12:02:31 | 只看该作者 Only view this author
用半各向异性控压,Z方向参考压力设较大的值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-20 15:34:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-18 12:02
用半各向异性控压,Z方向参考压力设较大的值

谢谢Sob老师解答。我理解应当对膜平面和膜的法向分别控压,但是如何做到图中设置两个压力呢?而且是指定对某一层膜用小压力,另一侧膜用大压力。谢谢!

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发表于 Post on 2020-2-21 08:25:55 | 只看该作者 Only view this author
他这个应该是在左右的石墨烯上分别加z方向上的外力,根据压力和面积计算外力
F = P*A

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-21 10:51:28 | 只看该作者 Only view this author
ulosggs 发表于 2020-2-21 08:25
他这个应该是在左右的石墨烯上分别加z方向上的外力,根据压力和面积计算外力
F = P*A

请问这个外力F应当通过哪个模块来设定?

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发表于 Post on 2020-2-21 19:16:41 | 只看该作者 Only view this author
我不清楚GROMACS有没有这个功能。
Lammps有 fix addforce 命令可以做这个
https://lammps.sandia.gov/doc/fix_addforce.html

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发表于 Post on 2020-2-21 19:43:44 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2020-2-21 10:51
请问这个外力F应当通过哪个模块来设定?

对于外压不对称的情况,用pull设置实现,两个板定义成两个组,分别设置外力方向。或者设成不同的acc-grps组,分别通过accelerate定义受力。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-22 15:10:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-21 19:43
对于外压不对称的情况,用pull设置实现,两个板定义成两个组,分别设置外力方向。或者设成不同的acc-grps ...

谢谢Sob老师,受教了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-22 15:10:35 | 只看该作者 Only view this author
ulosggs 发表于 2020-2-21 19:16
我不清楚GROMACS有没有这个功能。
Lammps有 fix addforce 命令可以做这个
https://lammps.sandia.gov/doc ...

谢谢

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发表于 Post on 2020-9-21 19:57:57 | 只看该作者 Only view this author
您好,能分享一下这篇文章吗?感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-21 20:04:15 | 只看该作者 Only view this author
IamHK 发表于 2020-9-21 19:57
您好,能分享一下这篇文章吗?感谢!

https://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/1.3573902,google搜图中的文字就可以搜到了

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发表于 Post on 2020-9-21 22:00:04 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2020-9-21 20:04
https://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/1.3573902,google搜图中的文字就可以搜到了

收到,感谢

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发表于 Post on 2020-9-23 20:54:20 | 只看该作者 Only view this author
请问您解决这个板该怎么设置?我也碰到类似的情况,需要利用单侧压力将液体压入纳米孔洞中,我所使用的方法是建立一个石墨烯薄膜。然后拉动这层膜让它给液体施加一个压力,但是遇到的问题是,不清楚该怎样设置让石墨烯不发生形变,保持刚性。请问您的解决方法是什么?感谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-24 10:21:14 | 只看该作者 Only view this author
IamHK 发表于 2020-9-23 20:54
请问您解决这个板该怎么设置?我也碰到类似的情况,需要利用单侧压力将液体压入纳米孔洞中,我所使用的方法 ...

这个不太清楚,还没做这个工作

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发表于 Post on 2021-7-15 16:13:14 | 只看该作者 Only view this author
您好,我也遇到您半年前遇到的相似的问题,我需要给一个聚偏氟乙烯薄膜右1/2部分施加一个恒定力,左1/2部分固定不动,我知道在LAMMPS中的操作过程,但是刚接触GROMACS,可以麻烦您给我说一下添加力的思路吗?非常感谢您的帮助。

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