绘制LOL-pi等值面图时，π轨道不连续的问题

chmdong · 发表于 Post on 2020-2-24 15:59:52

本帖最后由 chmdong 于 2020-2-24 16:07 编辑

大神好，本人在绘制分子LOL-pi等值面图时，按照此文“在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征”，采取对非纯平面的体系考察pi电子结构方式，按文章中命令顺序，但结果遇到π轨道不连续的问题，如附件1，分布在N原子上的π电子消失不见了。
但如果我不按照文中命令，先用Multiwfn手动找到所有分子的占领π轨道，并输入轨道数，再按命令运行程序，就没有问题了，如附件2。

若果这样，对于小分子体系，如此操作尚可，对大的分子结构，手动寻找π轨道，工作量比较大，而其也不能确定找全所有分子的占领π轨道，请问这样的问题如何解决？是不是在导入fchk文件后，输入19 orbital localization analysis后，如附件3的参数设置的问题？请指教！

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-24 16:13:53

N上是孤对电子，本来也不是pi电子。所以你的图1是非常正常的
诸如我这篇Theoretical Chemistry Accounts (2020) 139:25文中的图8，也氨基的孤对电子也没被算进去

chmdong · 发表于 Post on 2020-2-24 16:23:15

但在这个分子体系中，这两个孤对电子是应该被计入π电子轨道的，否则也不会手动输入轨道数，N原子上π电子分布就连续了，这个我有不止一个分子体系证明，所以我想请问问题是否可能出在图3的参数设定上

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-24 16:45:14

chmdong 发表于 2020-2-24 16:23
但在这个分子体系中，这两个孤对电子是应该被计入π电子轨道的，否则也不会手动输入轨道数，N原子上π电子 ...

孤对电子显然不应当计入pi轨道。
你把我那篇论文里的算法仔细看了就知道怎么去调节参数，关键一点是单中心判断阈值，用选项-10可以设，你把它设得更大就可以让近乎单中心分布的LMO（诸如对应孤对电子的）被当成成键轨道

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[波函数分析求助] 绘制LOL-pi等值面图时，π轨道不连续的问题