求助：在水盒子里加离子中和电荷？

xpyp · 发表于 Post on 2015-8-25 16:53:40

已把蛋白放在水盒子中，带8个正电荷，拟加如 8 个氯离子中和，该如何做？

ruanyang · 发表于 Post on 2015-8-25 17:51:59

genion 命令！具体的可以参考 Justin 的第二个膜蛋白的教程http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... _protein/index.html

fhh2626 · 发表于 Post on 2015-8-25 21:24:03

ruanyang 发表于 2015-8-25 17:51
genion 命令！具体的可以参考 Justin 的第二个膜蛋白的教程http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Pers ...

LZ用的是NAMD

最简单的办法是用VMD打开，然后用里面的add ions小插件加离子至中和就行了

ruanyang · 发表于 Post on 2015-8-25 21:41:31

Sorry ,没注意，NAMD直接用 VMD 中的插件就可以了

xpyp · 发表于 Post on 2015-8-25 21:56:00

谢谢！

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