AutoDock对接蛋白和小分子后如何使用GMX进行分子动力学模拟

hddonghao · 发表于 Post on 2020-3-4 14:09:33

本人使用AutoDock对一个酶和它的底物进行了对接，后面想利用GMX进行动力学计算，但GMX不包含小分子的力场。我通过搜索，说需要先构建小分子的力场，我按照说明使用ACPYPE+Gaussian构建了小分子的拓扑文件。假设得到了.gro和.top文件，接下来该如何做呢？
有人说需要将小分子的.top文件转化为.itp文件，然后#include处理。但酶和小分子复合物在GMX下无法使用pdb2gmx命令，也就无法得到相应的.top文件，具体该怎样转化及include，还望指教。非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-5 02:44:57

基于北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片，恰当根据实际情况变通

另外，“用ACPYPE+Gaussian构建了小分子的拓扑文件”语义不明。acpype并不直接利用Gaussian，如果是算RESP电荷，也不是光靠Gaussian能做的，需要结合Multiwfn才能得到（http://sobereva.com/441）。

此外，强烈建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）代替acpype产生拓扑文件，强大灵活得多且安装方便得多

hddonghao · 发表于 Post on 2020-3-5 11:15:55

sobereva 发表于 2020-3-5 02:44
基于下面幻灯片，恰当根据实际情况变通

谢谢Sob老师的回复
使用Gaussian运行完后，并没有产生Lig_ini.gesp和Lig.gesp文件，不知道出了什么问题。
C:\Users\hddonghao\Desktop\11.png

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-5 12:19:36

hddonghao 发表于 2020-3-5 11:15
谢谢Sob老师的回复，我是按照..

用Multiwfn产生RESP电荷多好，比用antechamber强得多得多的
仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

Multiwfn是计算RESP电荷最方便最强大最灵活的程序

hddonghao · 发表于 Post on 2020-3-5 14:12:30

好的，非常感谢社长，我去尝试下

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