请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 200|回复: 8

[波函数分析求助] 使用BCP计算氢键键能时,多氢键体系的总氢键能如何计算?加和?

[复制链接]

61

帖子

0

威望

240

eV
积分
301

Level 3 能力者

发表于 2020-3-6 20:39:02 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-6 23:54 编辑

我的体系如下一个阳离子,一个阴离子和一个分子,在M062X-D3/6-311+G**下优化并得到单电能。根据http://sobereva.com/522一文的方法,计算计算BCP从而计算氢键结合能,而我的体系是多氢键体系.,总氢键结合能是否就是算出每个氢键结合能加和?1.关于氢键的判断,是不是形成了橘黄色的键临界点,就可以视为形成氢键?
2.从图可以看到,除了相互形成的氢键外,单分子自身内部也有氢键,我计算复合物体系的氢键结合能,或者说计算A和B的氢键结合能的话,这部分是否需要包含入内?
3.我中间单独有一个Cl离子,故阴离子与阳离子形成的氢键  算带电体系公式?          阴离子与分子形成体系算 带电体系公式?    阳离子内部形成氢键算带电体系? ,只有分子内部形成才算中性体系?是不是应当这样来计算氢键结合能?能否详细解答。
4.我发现当我按3所述的,计算氢键时,均在10以下,大部分是5-6kcal/mol,好像并不满足您文中关于带电氢键,氢键键能达到10kcal/mol以上。是因为我的是CL离子,不如O,F电荷那么集中?
dislin.png

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
52414

管理员

公社社长

发表于 2020-3-7 03:46:26 | 显示全部楼层
你这种情况作用复杂,直接按常规方式用能量求差的做法算结合能就完了
我JCC文中的做法对于作用位点明确,跟周围环境耦合弱的情况才适合
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计约6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

Money and papers are rubbish, get a real life!

61

帖子

0

威望

240

eV
积分
301

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2020-3-7 07:02:19 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-3-7 03:46
你这种情况作用复杂,直接按常规方式用能量求差的做法算结合能就完了
我JCC文中的做法对于作用位点明确, ...

我这个体系一个阳离子。一个阴离子,一个分子,共34个原子, 机子6核16G,想求氢键Einteration=AB-A-B
使用双杂化RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-TZVPP这个级别计算弱相互作用,应当足够了吧?
还是说应当使用更高级别的CCSD(T)/may-cc-PVTZ 呢?

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
52414

管理员

公社社长

发表于 2020-3-7 10:38:12 | 显示全部楼层
a617788816 发表于 2020-3-7 07:02
我这个体系一个阳离子。一个阴离子,一个分子,共34个原子, 机子6核16G,想求氢键Einteration=AB-A-B
使 ...

都有阴离子了,显然得带弥散函数
CCSD(T)跑不动,除非用DLPNO
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计约6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

Money and papers are rubbish, get a real life!

61

帖子

0

威望

240

eV
积分
301

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2020-3-7 13:27:13 | 显示全部楼层
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-9 01:04 编辑
sobereva 发表于 2020-3-7 10:38
都有阴离子了,显然得带弥散函数
CCSD(T)跑不动,除非用DLPNO

不好意思老师,上面忘记写了,以ma形式加,参考您http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
应该为PWPB95 D3 ma-def2-TZVPP def2/J def2-TZVPP/C RIJCOSX grid4 gridx4 tightSCF
1.这个级别来算,氢键结合能,精度能否接受?
2.因为原来是用Gaussian用m062x/6-311+G**做的优化,现改为ORCA做双杂化算单电,是不是容易受到诟病?应当改为用同一软件完成 优化和单点?
3.同时,我还使用了psi4,做能量分解,但我在分别使用银级别计算,和使用铜级别计算时,分别输出的nSPAT0有大概4-5 KJ/mol的差异,(虽然银级别SPAT2+才是想要的),相同结构,但nSPAT0这个数值有这个差异正常吗?同样的结构输出的能量不应该一样吗?,这个能量分解,也是基于这两个片段做的分解,其中的物理意思是不是,交换互斥和色散加和为范德华作用能,静电单独项为静电能,四项加和为氢键结合能,诱导应该如何归类?,既然我目的是要考察成分,这里也已经算出结合能?上述1,2中双杂化高精度算单电能还是否有必要呢?
4.关于氢键结合能,我是阳离子和阴离子组合的复合体系,优化过程和算单电过程,阳离子未带弥散,阴离子带了弥散,符合体系带了弥散,请问我以Einter=EAB-EA-EB是不是不对,因为不是都三个都用了弥散??

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
52414

管理员

公社社长

发表于 2020-3-9 07:43:58 | 显示全部楼层
a617788816 发表于 2020-3-7 13:27
不好意思老师,上面忘记写了,以ma形式加,参考您http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
应该为 ...

1 可
2 显然没这个要求
3 这种程度的差异非常正常
诱导作用单独作为一项
你用的单点级别算的氢键作用能比SAPT银级别通常更好。如果你的目的不是要求高精度计算结合能,直接用SAPT给的结合能就行了
4 复合物体系应当只对阴离子的那些原子带弥散
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计约6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

Money and papers are rubbish, get a real life!

61

帖子

0

威望

240

eV
积分
301

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2020-3-9 11:00:08 | 显示全部楼层
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-11 02:09 编辑
sobereva 发表于 2020-3-9 07:43
1 可
2 显然没这个要求
3 这种程度的差异非常正常

1.. ORCA中混合基组的使用,也与Gaussian同样的填写格式吗?

2.关于弥散,阴阳离子组成的弱相互作用体系,阴离子需要加弥散,我想问下如果阴离子体系较大,比如十几个乃至数十个原子,例如羧基脱氢后的赖氨酸,我加弥散应当整个阴离子体系加,还是针对阴离子体系中明显带负电的原子加,这个问题不是很懂?麻烦老师们解释一下.谢谢。


2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
52414

管理员

公社社长

发表于 2020-3-11 12:20:04 | 显示全部楼层
a617788816 发表于 2020-3-9 11:00
1.. ORCA中混合基组的使用,也与Gaussian同样的填写格式吗?

2.关于弥散,阴阳离子组成的弱相互作用体 ...

1 格式看手册

2 给赖氨酸的羧基部分加就够了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计约6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

Money and papers are rubbish, get a real life!

61

帖子

0

威望

240

eV
积分
301

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2020-3-13 01:50:06 | 显示全部楼层
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-16 20:08 编辑
sobereva 发表于 2020-3-11 12:20
1 格式看手册

2 给赖氨酸的羧基部分加就够










您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2020-4-4 22:09 , Processed in 0.145439 second(s), 25 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表