使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题

rpestana94 · 发表于 Post on 2022-2-16 23:39:58

I'm getting an error when try to calculate the single point using ! PBE0 D3 grid4 gridx4 def2-QZVP def2/J RIJCOSX noautostart miniprint nopop, INPUT ERROR, UNRECOGNIZED OR DUPLICATED KEYWORD(S) IN SIMPLE INPUT LINE GRID4 GRIDX4, I'm using orca 5.0.1 and I don't find information about grid4 and gridx4

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-17 08:38:15

rpestana94 发表于 2022-2-16 23:39
I'm getting an error when try to calculate the single point using ! PBE0 D3 grid4 gridx4 def2-QZVP d ...

Since ORCA 5.0, grid and gridx keywords are no longer supported, this point has been mentioned in:
谈谈ORCA 5.0的新特性和改变
http://sobereva.com/604（http://bbs.keinsci.com/thread-23917-1-1.html）

rpestana94 · 发表于 Post on 2022-2-17 21:51:02

sobereva 发表于 2022-2-16 19:38
Since ORCA 5.0, grid and gridx keywords are no longer supported, this point has been mentioned in: ...

Thanks professor

dnlx · 发表于 Post on 2023-4-8 03:26:55

和实验结果之间的差异，还有一个因素是覆盖度。即使是均质固体表面，随着覆盖度的增加，吸附剂和被吸附分子之间的作用会降低，被吸附分子之间的排斥也可能增加，所以吸附热降低（即，不符合Langmuir方程）。理论模拟的是吸附了第一批分子，覆盖度比较低（有多低取决于簇的大小），而实验条件的覆盖度取决于实验手段，可能是高真空大表面只吸附几个分子，更可能是低压进样、逐渐饱和吸附剂表面，所以二者总应该有差别。

GoldenBaby · 发表于 Post on 2023-8-15 21:58:59

请问sob老师，这里面色散校正是用DFT-D3(BJ)好还是用DFT-D3好呢？最近我看一些文献，好像用零阻尼形式的更多一点，而且结合零阻尼形式的DFT-D算出来的结合能更接近于实验值。请问从理论上看，用哪种形式更合理呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-8-15 23:00:55

GoldenBaby 发表于 2023-8-15 14:58
请问sob老师，这里面色散校正是用DFT-D3(BJ)好还是用DFT-D3好呢？最近我看一些文献，好像用零阻尼形式的更 ...

零阻尼和BJ阻尼的差别一般小于构象平均效应、非谐性效应、BSSE、泛函误差等的影响，不用特别在意。零阻尼提出的时间早，因此如果只看老文章，就会觉得用零阻尼的多，如果只看近几年的文章，搞不好可能是BJ阻尼多。

GoldenBaby · 发表于 Post on 2023-8-16 06:36:35

wzkchem5 发表于 2023-8-15 23:00
零阻尼和BJ阻尼的差别一般小于构象平均效应、非谐性效应、BSSE、泛函误差等的影响，不用特别在意。零阻尼 ...

感谢老师的回复。文献上来看，确实BJ阻尼这两年用的在逐渐增多，但其实比重上也没增加太多，零阻尼形式近几年还是有不少人在用的。另外我提出这个问题，其实是因为我发现，这个体系用零阻尼的DFT-D3校正，相对于sob这里用的DFT-D3(BJ)稍微还是略有改善的（可能只是单纯因为误差抵消的比较好罢了），大概改善了1.2 kcal/mol吧。这也是sob在前面讨论部分讲的，可能不同形式的色散校正引入的误差，所以我想问一下，这种用零阻尼形式代替BJ阻尼形式的，在理论上是否大概率会使结果更好（即使是单纯的因为误差抵消的更好），还是单纯的个例。

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-16 07:46:52

GoldenBaby 发表于 2023-8-15 21:58
请问sob老师，这里面色散校正是用DFT-D3(BJ)好还是用DFT-D3好呢？最近我看一些文献，好像用零阻尼形式的更 ...

BJ阻尼从统计学上的精度比零阻尼更好，Grimme早已有文章做了专门的对比（而且引用次数极高）：J Comput Chem 32: 1456–1465, 2011。很大程度由于这篇文章，量子化学领域普遍默认用DFT-D3(BJ)而非DFT-D3(0)
“零阻尼形式的更多一点” 绝对不是普遍现象。至少在量子化学领域，除非是M06-2X这样不兼容BJ阻尼的，否则内行人基本都不会选择零阻尼。个别体系零阻尼更接近实验值也不代表统计学上零阻尼更好。不排除对特定某些类型的体系零阻尼整体普遍更好，但我未见专门的文章进行讨论，而且也不可能会有明显优势。

GoldenBaby · 发表于 Post on 2023-8-16 12:25:46

sobereva 发表于 2023-8-16 07:46
BJ阻尼从统计学上的精度比零阻尼更好，Grimme早已有文章做了专门的对比（而且引用次数极高）：J Comput C ...

好的，谢谢sob老师的回复。

GoldenBaby · 发表于 Post on 2023-9-9 15:25:53

Sob老师，最近我发现纯泛函对于这种体系SCF难收敛主要可能是因为DIIS对收敛不利。关掉DIIS，同时按照博文中的方法关闭Incremental Fock加速，使用VerySlowConv的阻尼方法，收敛还是挺容易的。并且由于ORCA做纯泛函计算速度足够快，发现这样做相比用杂化泛函并不会增加耗时。
链接：https://pan.baidu.com/s/1ZtYWxWdxDJnugBvuFOlA0g?pwd=5r7w
提取码：5r7w

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[综合交流] 使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题

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