Fortran system函数调用ORCA报错

wxhwbh

在Fortran程序中用了下面这个命令来调用ORCA：

1. call system('orca orcacomput.inp > orcacomput.out')

复制代码

但运行时报错：

1. gconftool-2: /opt/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by gconftool-2)
   
2. /usr/libexec/bonobo-activation-server: /opt/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/libexec/bonobo-activation-server)
   
3. Traceback (most recent call last):
   
4.   File "<string>", line 1, in <module>
   
5.   File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/orca/orca.py", line 69, in <module>
   
6.     import keybindings
   
7.   File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/orca/keybindings.py", line 35, in <module>
   
8.     import gtk
   
9.   File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/gtk-2.0/gtk/__init__.py", line 64, in <module>
   
10.     _init()
    
11.   File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/gtk-2.0/gtk/__init__.py", line 52, in _init
    
12.     _gtk.init_check()
    
13. RuntimeError: could not open display

复制代码

但如果在bash里直接使用“orca orcacomput.inp > orcacomput.out”来运行是没有任何问题的。所以想问问这个错误是怎么回事呢？谢谢。

niobium

我记得系统里也有个orca，是不是调用那个了

wxhwbh

niobium 发表于 2020-3-13 21:16
我记得系统里也有个orca，是不是调用那个了

你说的是CentOS的那个orca吗？我这是RedHat。

niobium

wxhwbh 发表于 2020-3-13 21:19
你说的是CentOS的那个orca吗？我这是RedHat。

红帽也有

beefly

fortran的system不知道系统环境变量那些事。要么写上绝对路径以及各种依赖库的路径，要么调用运行脚本

niobium

wxhwbh 发表于 2020-3-13 21:19
你说的是CentOS的那个orca吗？我这是RedHat。

我试过了，系统里面那个orca就是报这个错。你改成绝对路径试试

zjxitcc

wxhwbh 发表于 2020-3-13 21:19
你说的是CentOS的那个orca吗？我这是RedHat。

就是调成了系统的orca。假如alias orca=orca绝对路径，别名alias在fortran的system函数里是不起作用的。

wxhwbh

zjxitcc 发表于 2020-3-13 21:35
就是调成了系统的orca。假如alias orca=orca绝对路径，别名alias在fortran的system函数里是不起作用的。

还真是！谢谢！

zjxitcc

你可以直接在system()函数里用orca绝对路径。

也有其他替代方法，比如在Fortran代码里获取系统环境变量
character(len=240) :: orca_path
call get_environment_variable('orca', orca_path)
在~/.bashrc里需写export orca=orca绝对路径（使用alias无用）。
这样做的好处是更换机器或更换orca路径时，无需改fortran代码，只需在~/.bashrc里正确定义export orca。