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[波函数分析求助] 过渡金属的轨道分析

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求助,请问如图所示的过渡金属配合物的HOMO(α)轨道,可以认为是金属Ru和配体CO和Cp*的成键轨道吗?其中Ru-桥基CO的成键比较明显,而Ru-端基CO和Ru-Cp*的成键只有在减小isovalue至0.02左右才出现正向重叠,尤其是Ru-Cp*的轨道重叠很奇怪,附件里是轨道的cube文件,求大家指导,第一次做过渡金属配合物的计算,不是很确定。


SOMO.jpg (109.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 64)

SOMO.jpg

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发表于 Post on 2015-8-28 21:13:04 | 只看该作者 Only view this author
Ru-Cp*肯定算不上成键,反倒更像是反键轨道
更客观的判断是用Multiwfn做Mulliken键级分析,可以分解成轨道的贡献,明显正值和明显负值分别代表成键和反键贡献
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-29 10:24:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ter20 于 2015-8-29 22:47 编辑

OK,明白了,做了Decompose Mulliken bond order between two atoms to orbital contributions,我这种情况就是找到HOMO(α)对应的Orbital contribution的正负情况对吧

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发表于 Post on 2015-8-31 15:12:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-8-31 15:13 编辑
ter20 发表于 2015-8-29 10:24
OK,明白了,做了Decompose Mulliken bond order between two atoms to orbital contributions,我这种情况 ...

你这几乎就是纯粹的反键轨道啊
给你看个典型的过渡金属 - 配体成键三个典型的成键轨道

一个不太典型的反键轨道(还有点儿非键轨道的意思)



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八十岁躺在床上,九十岁挂在墙上,
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发表于 Post on 2015-8-31 17:41:29 | 只看该作者 Only view this author
ter20 发表于 2015-8-29 10:24
OK,明白了,做了Decompose Mulliken bond order between two atoms to orbital contributions,我这种情况 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-1 10:02:29 | 只看该作者 Only view this author
yjcmwgk 发表于 2015-8-31 15:12
你这几乎就是纯粹的反键轨道啊
给你看个典型的过渡金属 - 配体成键三个典型的成键轨道

你好,我也用Multiwfn做了Topology分析,结果如图,看起来至少Ru-CO是成键轨道,应该没错吧

Topology.jpg (434.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 69)

Topology.jpg

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发表于 Post on 2015-9-1 14:57:56 | 只看该作者 Only view this author
ter20 发表于 2015-9-1 10:02
你好,我也用Multiwfn做了Topology分析,结果如图,看起来至少Ru-CO是成键轨道,应该没错吧

看上去很像C和Ru成键了!
(你肯定用了ECP基组,却用fchk或wfn作了AIM分析,我猜的对吗)
AIM不能看到谁是成键轨道,只能看到谁和谁成键了
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发表于 Post on 2015-9-1 18:59:18 | 只看该作者 Only view this author
ter20 发表于 2015-9-1 10:02
你好,我也用Multiwfn做了Topology分析,结果如图,看起来至少Ru-CO是成键轨道,应该没错吧


轨道的描述有很强的任意性,我也不鼓励通过MO来考察。成不成键问题是所有轨道的总效果。
最简单的方法,你算算mayer键级就知道是否成键了。当前的情况应当是成键的。
至于AIM分析,并不代表有键径就一定有化学键,只能说化学键总伴随着键径。你的图算是成键的证据之一,但建议结合Mayer键级讨论。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-1 21:02:03 | 只看该作者 Only view this author
yjcmwgk 发表于 2015-9-1 14:57
看上去很像C和Ru成键了!
(你肯定用了ECP基组,却用fchk或wfn作了AIM分析,我猜的对吗)
AIM不能看到 ...

我就是按你的说法做的,用了ECP基组,然后用fchk做了multiwfn的topology分析
对AIM分析理解不深,这下明白了,以后要多看看相关文献,多谢啦!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-1 21:02:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-1 18:59
轨道的描述有很强的任意性,我也不鼓励通过MO来考察。成不成键问题是所有轨道的总效果。
最简单的方法 ...

Got it! 还是加上Mayer键级分析比较有说服力

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发表于 Post on 2015-9-1 21:22:52 | 只看该作者 Only view this author
ter20 发表于 2015-9-1 21:02
我就是按你的说法做的,用了ECP基组,然后用fchk做了multiwfn的topology分析
对AIM分析理解不深,这下明 ...

用.wfx文件可以保证键径一直能连到原子核位置,详见
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-1 22:56:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ter20 于 2015-9-1 22:58 编辑
sobereva 发表于 2015-9-1 21:22
用.wfx文件可以保证键径一直能连到原子核位置,详见
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva. ...

马上学习之PS: 感慨Sob知识如此浩瀚,无论巨细,都了解得很透彻,对比自己的肤浅,深感汗颜

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发表于 Post on 2015-9-17 21:52:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-1 18:59
轨道的描述有很强的任意性,我也不鼓励通过MO来考察。成不成键问题是所有轨道的总效果。
最简单的方法 ...

“轨道的描述有很强的任意性,我也不鼓励通过MO来考察。成不成键问题是所有轨道的总效果。”  
佩服。

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