请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 193|回复: 9

[波函数分析求助] 如何考察一个分子结构中两个片段之间的pai轨道重叠程度?

[复制链接]

106

帖子

0

威望

529

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

发表于 2020-3-14 09:49:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师您好,我想要考察一个分子结构中两个片段之间的pai轨道重叠程度,看了sob老师的博文:分子间轨道重叠的图形显示和计算。对于要考察的两个片段的轨道编号,我应该如何选择呢?是用Multiwfn分别取看这两个片段的HOMO轨道或者LUMO轨道?麻烦老师指点指点,谢谢。

2770

帖子

27

威望

9537

eV
积分
12847

Level 6 (一方通行)

发表于 2020-3-14 10:00:47 | 显示全部楼层
考察对分子间(或分子片段间)相互作用贡献大的轨道,不一定是HOMO,LUMO(而且“一个分子结构中两个片段(各自的)HOMO/LUMO”似乎定义也不明确)

106

帖子

0

威望

529

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2020-3-14 11:08:40 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2020-3-14 10:00
考察对分子间(或分子片段间)相互作用贡献大的轨道,不一定是HOMO,LUMO(而且“一个分子结构中两个片段( ...

我想要考察pai轨道的重叠情况的话,是不是可以先用Multiwfn分别查看这两个片段的轨道,然后选出他们的Pai轨道,然后再根据前面说的sob老师的那篇博文来操作,这样得出的结果是否可靠呢?

189

帖子

0

威望

1462

eV
积分
1651

Level 5 (御坂)

秦都王城守卫教头

发表于 2020-3-14 11:32:27 | 显示全部楼层
XZDZ 发表于 2020-3-14 11:08
我想要考察pai轨道的重叠情况的话,是不是可以先用Multiwfn分别查看这两个片段的轨道,然后选出他们的Pai ...

计算重叠积分行不行
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
52414

管理员

公社社长

发表于 2020-3-14 19:00:29 | 显示全部楼层
是pi不是pai

如果两个片段是在同一个分子里的,没法说每个片段的HOMO、LUMO,因为这是对整体而言的
看不到你的具体结构我不好说。但一个可能可行的做法是做轨道定域化(参看http://sobereva.com/380),把对应两个片段的pi轨道的定域化轨道序号找出来,然后用Multiwfn手册主功能100的子功能11计算两个片段间每一对定域化分子轨道的模的重叠积分,然后加和。

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出帖子具体内容(仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),我已把你的不恰当标题“新手求助:关于分子轨道计算”改了,以后务必注意。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计约6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

Money and papers are rubbish, get a real life!

106

帖子

0

威望

529

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2020-3-15 06:41:46 | 显示全部楼层
alonewolfyang 发表于 2020-3-14 11:32
计算重叠积分行不行

就是按照上面那篇博文里的方法求重叠积分?那两个片段的轨道怎么选择呢?

2770

帖子

27

威望

9537

eV
积分
12847

Level 6 (一方通行)

发表于 2020-3-15 09:08:43 | 显示全部楼层
XZDZ 发表于 2020-3-15 06:41
就是按照上面那篇博文里的方法求重叠积分?那两个片段的轨道怎么选择呢?

这种问题没法对着文字空谈的,效率很低。不如直接给出具体问题。

106

帖子

0

威望

529

eV
积分
635

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2020-3-15 09:19:35 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-3-14 19:00
是pi不是pai

如果两个片段是在同一个分子里的,没法说每个片段的HOMO、LUMO,因为这是对整体而言的

谢谢老师。
我的结构是这样的一个复合物(是TS走IRC,走得很长之后,产物端的一个复合物),想要考察的片段是HOCHO和CH2OO这两个片段。 adduct.png

189

帖子

0

威望

1462

eV
积分
1651

Level 5 (御坂)

秦都王城守卫教头

发表于 2020-3-15 17:22:57 | 显示全部楼层
本帖最后由 alonewolfyang 于 2020-3-15 17:26 编辑
XZDZ 发表于 2020-3-15 06:41
就是按照上面那篇博文里的方法求重叠积分?那两个片段的轨道怎么选择呢?

是的,按照Sob老师的做法最简单,当然也可以自己写个小程序计算
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
52414

管理员

公社社长

发表于 2020-3-17 13:23:17 | 显示全部楼层
XZDZ 发表于 2020-3-15 09:19
谢谢老师。
我的结构是这样的一个复合物(是TS走IRC,走得很长之后,产物端的一个复合物),想要考察的 ...

这根本看不出有什么pi-pi作用,没必要从这个角度讨论,讨论也讨论不出什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计约6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

Money and papers are rubbish, get a real life!
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2020-4-4 22:23 , Processed in 0.170380 second(s), 27 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表