求助：羟基上的氧原子能否和金属离子形成配位键

minishotgun · 发表于 Post on 2020-3-15 14:42:06

本帖最后由 minishotgun 于 2020-3-16 15:10 编辑

我在用amber中的MCPB.py方法构建配位键参数，晶体结构里显示镁离子和蛋白质残基上的原子形成配位键。我之前看到的都是金属离子和羰基上的氧或去质子化的羧基上的氧形成配位键的，这个体系有点特殊，是镁离子和残基THR侧链上的羟基氧形成配位键。

请问在实际情况下，镁离子能和羟基上的氧形成配位键吗，我不太清楚羟基上的氢原子会不会因为空间位阻影响配位键的形成。或者先要把羟基氧上连着的氢去掉（去质子化），这个配位键才能形成？不过我感觉THR侧链上的这个羟基好像不能去质子化。由于晶体结构里的蛋白质是没有氢原子的，我也不能判断在形成配位键的时候，这个THR侧链上的羟基到底有没有去质子化。amber是默认给THR侧链上的羟基加氢的，如图所示。

请问羟基上的氧原子能否和金属离子形成配位键呀，我需要把THR侧链羟基上的氢去掉，再构建配位键参数吗？还请大家指点，万分感激！

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-16 11:18:46

碱金属、碱土金属形成的一般都不叫配位键，这种情况作用基本上都是静电作用，不需要特殊的bond项，靠原子电荷表现的静电相互作用来描述就够了。过渡金属那种才当成配位键

minishotgun · 发表于 Post on 2020-3-16 15:15:00

本帖最后由 minishotgun 于 2020-3-16 15:18 编辑

sobereva 发表于 2020-3-16 11:18
碱金属、碱土金属形成的一般都不叫配位键，这种情况作用基本上都是静电作用，不需要特殊的bond项，靠原子电 ...

谢谢社长指导！我去比较一下amber默认的金属离子力场和MCPB.py方法的bonded model哪个更适合我们的体系，个人感觉bonded model会更好。

minishotgun · 发表于 Post on 2020-3-25 23:19:37

经过我的测试，在使用bonded model时需要把THR侧链羟基上的氢原子删除，否则做平衡的时候氢原子会干扰金属中心，导致amber报错。

xxzj · 发表于 Post on 2021-10-19 14:32:02

sobereva 发表于 2020-3-16 11:18
碱金属、碱土金属形成的一般都不叫配位键，这种情况作用基本上都是静电作用，不需要特殊的bond项，靠原子电 ...

老师，在下面的chemdraw图中，氮和金属银进行配位，想对该分子进行优化，但是不知道在gaussview中金属银的位置如何确定？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-20 02:35:55

xxzj 发表于 2021-10-19 14:32
老师，在下面的chemdraw图中，氮和金属银进行配位，想对该分子进行优化，但是不知道在gaussview中金属银 ...

没看见图

byqyb · 发表于 Post on 2021-12-9 17:48:00

minishotgun 发表于 2020-3-25 23:19
经过我的测试，在使用bonded model时需要把THR侧链羟基上的氢原子删除，否则做平衡的时候氢原子会干扰金属 ...

题主，想问一下你的金属位点有结晶水吗？对和Mg配位的结晶水你是怎么处理的？

minishotgun · 发表于 Post on 2022-1-9 10:32:06

我模拟的结构中金属位点没有结晶水。

MCPB官方教程中有提到如何处理金属中心形成配位键的结晶水，好像是要用非键合模型的，你可以去官网上看一下详细的教程。

我自己也没有处理过这种体系，不太熟悉，不好意思呀。

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