蛋白-配体模拟时配体飞出活性中心求助

vandenberg · 发表于 Post on 2020-3-18 11:40:29

各位大神，最近用网上的蛋白配体教程做另一个材料，模拟参数没有特别大的变化。
但是最后发现小分子配体在中间的frame就已经飞出了活性中心，模拟后半部基本上在溶剂中。
很疑惑，配体不是做了位置限制吗，难道是模拟过程配体受力太大？

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-18 13:44:00

8成是位置限制根本没生效，拓扑文件内容有问题

vandenberg · 发表于 Post on 2020-3-18 17:39:32

sobereva 发表于 2020-3-18 13:44
8成是位置限制根本没生效，拓扑文件内容有问题

谢谢老师我查一下

vandenberg · 发表于 Post on 2020-4-1 11:28:01

各位老师，我发现把限制配体的参数提高十倍的时候，配体就会留在活性中心，但是这样的限制的实际意义是什么呢？比如其他蛋白只需要10分之一的力就可以把配体留在活性中心.
gmx_mpi genrestr -f lig.gro -n index_lig.ndx -o posre_lig.itp -fc 1000 1000 1000 配体飞出
gmx_mpi genrestr -f lig.gro -n index_lig.ndx -o posre_lig.itp -fc 10000 10000 10000 配体固定

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-4 05:24:36

vandenberg 发表于 2020-4-1 11:28
各位老师，我发现把限制配体的参数提高十倍的时候，配体就会留在活性中心，但是这样的限制的实际意义是什么 ...

-fc 1000 1000 1000还能飞出去，8成是限制势设置有严重问题，要么就是力场参数、拓扑文件内容存在严重异常，产生了过大的互斥作用。正常情况下稍微给点限制势就不会出去

azero · 发表于 Post on 2020-4-4 13:44:38

本帖最后由 azero 于 2020-4-4 13:46 编辑

sobereva 发表于 2020-4-4 05:24
-fc 1000 1000 1000还能飞出去，8成是限制势设置有严重问题，要么就是力场参数、拓扑文件内容存在严重异 ...

sob老师啊，我以前做过几个不同蛋白-底物的体系，配体总是跑出来(几纳秒、20纳秒和50纳等等跑出来的都有)，一般是用amber力场，RESP电势，小分子GAFF/glycam力场。

有一个体系的是蛋白质-底物的晶体结构（模拟直接用晶体的结构），配体的位置应该不像docking的结果那么不靠谱，RESP+GAFF和RESP+glycam都在几纳秒就跑出来了。
平衡时限制蛋白+放松配体或限制蛋白+配体或限制配体+放松蛋白，然后正式MD时全部放松。
这些都试过了，结果配体依然几纳秒或十几纳秒跑掉，从此对蛋白-配体的体系产生很大的阴影。

sob老师啊，有两个问题请教一下你:
1、小分子跑出来一般是不是都是力场、拓扑结构、位置(对接结果)的问题啊
2、如果力场、拓扑结构都仔细确认，摸索来摸索去，配体还是跑出来，能不能在正式模拟中对小分子加个限制势，但是加限制势显然不真实

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-6 20:35:04

azero 发表于 2020-4-4 13:44
sob老师啊，我以前做过几个不同蛋白-底物的体系，配体总是跑出来(几纳秒、20纳秒和50纳等等跑出来的都有) ...

不能说跑出来就不对
如果刚跑比如几百ps就飞出来，但实验上结合自由能很负，那可以说模拟有问题
但好几十ns才出来，在一定程度上已经可以说是结合挺稳定了。并不是说结合自由能为负小分子就不能跑出来，只不过结合自由能越负，小分子处于结合的概率更高而已。

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