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[GROMACS] 求助关于distance_restraints的问题

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本帖最后由 yanzhiqing 于 2020-3-25 14:39 编辑

我现在的体系是磷脂分子DPPC当中放了根膜蛋白,现在我想在运行npt的时候,在topol文件最后用了[ distance_restraints ]限制其中的一个磷脂分子的头部和这根膜蛋白的距离。这张图是我的topol文件,图中1-48是我的膜蛋白的序号,865是我想限制的磷脂分子的头部序号,然后我还在mdp文件里也加入了disre相关内容,但是运行了以后,发现我这个限制没能起到作用,请各位老师和同学能解答一下我的问题到底出在哪里了,谢谢大家!!!

1.png (19.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

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发表于 Post on 2020-3-25 15:32:13 | 只看该作者 Only view this author
#ifdef disres改成#ifdef DISRES再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-25 19:19:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-25 15:32
#ifdef disres改成#ifdef DISRES再试

老师您好,我改成了#ifdef DISRES以后,在生成tpr文件的时候就报了这个错,这个865号就是我想限制距离的那个磷脂分子头部。

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发表于 Post on 2020-3-25 21:18:33 | 只看该作者 Only view this author
这说明之前你的定义都没生效

[ distance_restraints ]未必能结合[ intermolecular_interactions ],反正我没试过,可以到gmx mailing list上问问。[ intermolecular_interactions ]一般都是结合bonded项使用的。
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发表于 Post on 2020-7-13 18:32:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 15810593730 于 2020-7-14 01:15 编辑

1)gmx网站写有:The distance between two atoms within the same [moleculetype] can be restrained to a prescribed distance by setting [distance_restraints] in the topology.也根据您报错的信息,不同分子类型的话,是不能使用 [distance_restraints] 。BTW,index相同什么意思?联合起来施加混合约束?能否对原子组的质心进行距离约束?网站写的如图:——2020/7/13
2)我试了一下,即使同种分子类型的不同分子也会出现out of bounds的情况。[ intermolecular_interactions ]这种方法,在手册哪一块?为了实现对同种类型分子的不同分子的质心约束,我想到的一个土办办法是把第一个分子的所有信息复制一遍,再把原子序号加上去单分子的原子个数,我先试试效果吧。一个行之有效的办法是不是用pull的办法?但这种方法要么使分子移动了,要么是距离恒定?另外gmx genrestr生成了同一分子里所有原子间的距离限制,应该是把分子固定死了? ——2020/7/14

distance_restraint.png (18.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

distance_restraint.png

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发表于 Post on 2020-10-1 21:46:54 | 只看该作者 Only view this author
15810593730 发表于 2020-7-13 18:32
1)gmx网站写有:The distance between two atoms within the same [moleculetype] can be restrained to a ...

想请问一下,这个index一般要如何设置,看了说明还是有些不懂

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发表于 Post on 2020-10-1 21:52:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-25 21:18
这说明之前你的定义都没生效

[ distance_restraints ]未必能结合[ intermolecular_interactions ],反正 ...

sob老师,请问一下[distance_restraints]中的index一般根据什么进行设置?我看了说明,但还是不太明白这个依据什么?

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发表于 Post on 2020-10-2 13:03:50 | 只看该作者 Only view this author
琦锅锅 发表于 2020-10-1 21:52
sob老师,请问一下[distance_restraints]中的index一般根据什么进行设置?我看了说明,但还是不太明白这 ...

若无特殊情况,从0开始依次往下排就完了
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发表于 Post on 2020-10-4 16:11:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-2 13:03
若无特殊情况,从0开始依次往下排就完了

嗯嗯,好的

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发表于 Post on 2020-12-16 11:16:13 | 只看该作者 Only view this author
请问题主,你的index 和low up1 up2是如何设置的?

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