关于高斯进行氢键的距离和相互作用能的计算的问题

hanmingxi · 发表于 Post on 2020-3-31 23:50:20

高斯新手想要咨询下有关下面文章中的不确定初始结构的两个分子之间的氢键的距离和作用能如何进行计算，初始结构是需要用文献中的方法自己画出然后调整合适的氢键距离在进行优化吗？我尝试自己优化不知是否合理，希望大家给与帮助，非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-1 02:45:06

使用molclus结合量子化学程序对二聚体构型做构型搜索，找出能量最低构型，仔细看以下文章

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

搜索出能量最低构型后，在gview之类程序里量一下就知道距离。

作用能的计算看诸如
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
http://sobereva.com/542（http://bbs.keinsci.com/thread-16585-1-1.html）

也可以用Multiwfn程序通过AIM理论对氢键键能进行估计，仔细看（即便不用AIM，也非常建议看此文）
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

我还写过很多和弱相互作用有关的文章，看下文末尾我给出的列表
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

hanmingxi · 发表于 Post on 2020-4-1 22:12:40

sobereva 发表于 2020-4-1 02:45
使用molclus结合量子化学程序对二聚体构型做构型搜索，找出能量最低构型，仔细看以下文章

使用molclus程 ...

好的，谢谢sob老师，感谢您的提示，我这就去试试之后再有问题还要麻烦您了

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