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[新手求助] 混合溶剂的溶剂化能的计算

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新手求助。在计算过程中想加入如下的溶剂模型

重水,饱和食盐水、饱和的氯化锂、乙醇/水多种比例的混合溶液、重水/水多种比例的混合溶液。只知道scrf=(solvent=X)可能可以实现这个目的,但是这个X具体写什么就不清楚了。手册也查过了,没有找到

先谢谢大家了!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-2 19:54:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 fankui1990129 于 2015-9-2 19:56 编辑

其他帖子里说的很笼统,我这个新手看不太懂。比如“混合溶剂相当于自定义,需要知道其光学介电常数,零频介电常数,还有半径”,我大约明白需要自己设置东西,但是怎么设置我就没找到了。

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发表于 Post on 2015-9-2 23:33:14 | 只看该作者 Only view this author
网上很多信息都完全是错的或者过时的。诸如“还有半径”这就完全不对了,G09自定义溶剂根本不需要定义半径。
下面的幻灯片才是正确的

但是重水和普通水的差异是没法通过隐式溶剂模型表现的,而且饱和氯化钠这种溶剂也没法表现。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-3 00:30:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-2 23:33
网上很多信息都完全是错的或者过时的。诸如“还有半径”这就完全不对了,G09自定义溶剂根本不需要定义半径 ...

请问我这样理解可以么?

加入溶剂模型只需要设置介电常数就可以了。我计算溶剂化能的目的是为了解释溶剂不同时反应速度不用的原因。那我这样做可以么:我分别查到上述溶剂的介电常数,按照sob老师的方法加入同一个过渡态中(气相条件下找到的)。看看计算得到的理论差异和实际差异是否一致。

PS:我只是为了定性说明,不严格的定量考察,能解释实验即可。不知只有的操作是否合理呢?


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发表于 Post on 2015-9-3 01:11:40 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-9-3 00:30
请问我这样理解可以么?

加入溶剂模型只需要设置介电常数就可以了。我计算溶剂化能的目的是为了解释溶 ...


虽然可以,也建议你先试试,但实际问题肯定没那么简单,隐式溶剂模型能表现出来的效应很有限,同位素效应、离子浓度、溶剂-溶质间强相互作用等等都没法提现。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-9-3 20:43:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-3 01:11
虽然可以,也建议你先试试,但实际问题肯定没那么简单,隐式溶剂模型能表现出来的效应很有限,同位素效 ...

我尝试了一下,饱和食盐水得到的结论正好相反。刚刚有人推荐了一种“傻瓜式”的方法,他也不确定是否可以。

他建议我在分子附近放上几个氯离子、钠离子和水分子,然后计算能量E1;然后把分子删除,只计算氯离子、钠离子和水分子的能量E2;再计算一下分子的能量E3。溶剂化能≈E1-E2-E3

这个方法我和他都感觉怪怪的,不过计算出的结果勉强能对应上

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发表于 Post on 2015-9-4 01:30:09 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-9-3 20:43
我尝试了一下,饱和食盐水得到的结论正好相反。刚刚有人推荐了一种“傻瓜式”的方法,他也不确定是否 ...

这么做,只是考察了体系与离子的相互作用,但是并没法体现出浓度问题。
如果对于你的反应,饱和食盐水起到的效应就是提供离子与体系发生相互作用,则是基本可行的。
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发表于 Post on 2016-2-21 20:22:51 | 只看该作者 Only view this author
个人认为,不同浓度下紫外光谱的峰位和峰形一般不会变化,我们通过紫外可见来测量溶质浓度也是基于此的。如果紫外光谱发生变化,最主要的原因可能是溶质分子或离子之间的相互作用,比如氢键等范德华力或形成寡聚体之类的物质,也就是说物质发生了改变;但是隔离态的量化计算考虑不到这两个问题,所以可能很难得到浓度的影响。
不知道这样说是否正确,还要请sob老师指教。

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发表于 Post on 2016-2-21 22:39:14 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-21 20:22
个人认为,不同浓度下紫外光谱的峰位和峰形一般不会变化,我们通过紫外可见来测量溶质浓度也是基于此的。如 ...

正确
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发表于 Post on 2016-2-22 09:44:06 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-21 20:22
个人认为,不同浓度下紫外光谱的峰位和峰形一般不会变化,我们通过紫外可见来测量溶质浓度也是基于此的。如 ...

老师,前辈我想咨询一下,我怎样设定溶液浓度呢,我所选取的溶剂是高斯手册中有的
If anything is impossible? It should be done!!

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发表于 Post on 2016-2-22 10:25:14 | 只看该作者 Only view this author
三石草祭 发表于 2016-2-22 09:44
老师,前辈我想咨询一下,我怎样设定溶液浓度呢,我所选取的溶剂是高斯手册中有的

我没设过浓度,这个要问sob老师。

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发表于 Post on 2016-2-22 10:58:26 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-22 10:25
我没设过浓度,这个要问sob老师。

好的,谢谢前辈
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发表于 Post on 2016-5-22 12:18:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-2 23:33
网上很多信息都完全是错的或者过时的。诸如“还有半径”这就完全不对了,G09自定义溶剂根本不需要定义半径 ...

sob老师,平时计算溶液反应时都用的是scrf=(smd, solvent=water),在您的这个回帖中并没有写溶剂化模型(如smd,cpcm,pcm)等,但是多了一个generic。
请问溶剂化模型可以不加吗?如果不加默认是什么呢?
generic起的是啥作用啊?可以不写吗?
谢谢老师。

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发表于 Post on 2016-5-22 15:06:55 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-5-22 12:18
sob老师,平时计算溶液反应时都用的是scrf=(smd, solvent=water),在您的这个回帖中并没有写溶剂化模型( ...


最好写上solvent=generic,这代表自定义一个新的溶剂,比较正规。如果你不写它,代表你read进去的溶剂信息是替换默认的水溶剂的相应项。比如你用scrf=read只定义eps=18.0,那么当前溶剂还是水的参数,只不过把eps替换成了18.0,这样不正规。当然,比如你只定义eps,当前的计算也只依赖于溶剂的eps属性的话,你写不写generic都一样,但如果任务依赖于溶剂的其它信息,比如epsinf,或者做SMD计算(其非极性部分计算依赖于溶剂的酸度、表面张力等参数),结果就不一样了。
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发表于 Post on 2016-5-22 16:04:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-22 15:06
最好写上solvent=generic,这代表自定义一个新的溶剂,比较正规。如果你不写它,代表你read进去的溶剂 ...

又学到了!
1. 那如果不写SMD CPCM PCM等模型,默认是什么模型呢?
如果想用SMD模型来计算,这么写对不对呢?
scrf=(SMD, solvent=generic, read)
...
eps=xxx
epsinf=xxx

2. 还有一个事情不大明白,文章中有用SMD的,也有用CPCM的,也有用PCM的,请问这几个溶剂模型有多大区别?适用于不同体系吗?

非常感谢Sob老师的解答,受益匪浅。

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