gmx tcaf -oc 计算粘度，得到的数据有何含义？

黑色Jude · 发表于 Post on 2020-4-3 10:43:23

在立方体盒子中使用gmx tcaf -oc计算粘度，得到四个平均值，且数值相差一般都比较大，请问这四个值有何含义呢，我应该用什么值来表征体系的粘度？

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-3 11:28:13

我一般建议用周期扰动法算，论坛里有过不少讨论，google搜索框搜粘度可搜到

fwan1006 · 发表于 Post on 2021-4-7 14:50:35

sobereva 发表于 2020-4-3 11:28
我一般建议用周期扰动法算，论坛里有过不少讨论，google搜索框搜粘度可搜到

版主您好，我想问一下用周期微扰法做的话，得到的粘度数值受到自己设置的cos-accelation值影响非常大，这样的话对于一个体系来说就没有一个能够在很广的温度范围内普遍适用的cos-accelation值，经常会出现这个温度下使用一个cos-accelation值得到和实验点接近的粘度结果，但是换一个温度之后这个cos-accelation值得出的粘度结果就不准了，这个问题有什么好的解决办法吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-8 01:07:00

fwan1006 发表于 2021-4-7 14:50
版主您好，我想问一下用周期微扰法做的话，得到的粘度数值受到自己设置的cos-accelation值影响非常大，这 ...

不要盲目追求和实验越近，影响误差的因素太多，明显不光是这个参数的事。对于考虑参数的选取问题，应当看的是什么数值和理论的极限值基本相符。原理上cos-acceleration越小越好，但需要越长时间的模拟

xjw · 发表于 Post on 2022-4-10 11:00:01

sobereva 发表于 2020-4-3 11:28
我一般建议用周期扰动法算，论坛里有过不少讨论，google搜索框搜粘度可搜到

老师，周期扰动法的教程有吗，可以发下嘛？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2022-4-10 20:21:39

xjw 发表于 2022-4-10 11:00
老师，周期扰动法的教程有吗，可以发下嘛？

体系跑平衡后，在mdp文件里加上cos-acceleration = 0.04，跑NVT，然后用gmx energy计算粘度。原理上盒子z方向越长，cos-acceleration设置的越小越准确，建议看一些相关文章把原理搞清楚再做

xjw · 发表于 Post on 2022-4-13 14:13:34

Lacrimosa 发表于 2022-4-10 20:21
体系跑平衡后，在mdp文件里加上cos-acceleration = 0.04，跑NVT，然后用gmx energy计算粘度。原理上盒子 ...

好的。谢谢了哈

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] gmx tcaf -oc 计算粘度，得到的数据有何含义？

浏览过的版块